937年（閩通文二年、後晉天福二年），黃禹錫中進士，授校書郎、檢校尚書。

949年（南唐保大七年、後漢乾祐二年），清源軍節度使留從效授黃禹錫兵部員外郎、檢校尚書，凡是軍政機密大事，都與他商量，交他辦理。後周顯德年間（954年－960年），後周世宗先擊敗契丹，又進攻南唐，奪取江北、淮南14州，大有一統天下之勢。為了結好後周，留從效派遣時任別駕的黃禹錫持奏章，從偏僻小路，歷盡艱險，前往後周都城開封府（今河南開封），上表稱藩，進奉貢物；後周世宗接納貢物，並下詔表彰，厚賜珍寶，但沒有同意清源軍成為後周的直接藩屬。964年（北宋乾德二年），平海軍節度使陳洪進任命黃禹錫為檢校尚書、水部郎中兼莆田縣令。

977年（太平興國二年），陳洪進上表，將所轄泉、漳二州獻給朝廷。其時，仙遊縣游洋洞人林居裔在仙遊縣百丈鎮聚數百人反叛，並宣稱此事為黃禹錫所策劃。黃禹錫生氣地斥責：「我禹錫頭可斷，就是賊不能當！」隨即密遣長子黃觀，到福州向兩浙西南路轉運使楊克讓告急。黃觀向楊克讓陳說利害，楊克讓立即率兵與黃觀趕赴泉州。此前，林居裔獲悉黃觀往福州請兵之事，抓捕黃禹錫及次子黃藪，準備處決。楊克讓與黃觀率兵趕到，平息叛亂。不久，林居裔接受招安，向官府投降，卻又被黃禹錫所殺。為此，宋太宗賜黃禹錫錦袍、玉笏以及「父子忠臣」的匾額。

黃禹錫死後葬于二十一都曾墓鋪前（今福建省惠安縣東園鎮錦厝村）。