高似孙《纬略》载：「光编集《通鉴》，有一事用三四出处纂成者。」《通鉴考异》用以说明史料取舍的原则和考证过程，遇年月、事迹有不同之处，均详加考订，并注明取舍的原因，「其中事同文异者，则请择一明白详备者录之，彼此互有详略，则请左右采获，错综铨次，自用文辞修正之，一如《左传》叙事之体也。此并作大字写。若彼此年月者，修入正文，余者注于其下，仍为叙述，所以取此舍彼之意。先注所舍者云某书云云，今按某书证验云云，或无证验，则以事理推之云云，今从某书为定；若无以考其虚实是非者，则云今两存之。其《实录》正史未必皆可据，杂史小说未必皆无凭，在高鉴择之。」意在「辨正谬误，以祛将来之惑」。又如陈寿《三国志》记周瑜之死，未记明确年代，《通鉴》卷六六载，献帝建安十五年，周瑜卒于巴丘。《通鉴考异》曰：「按，《江表传》，瑜与策同年，策以建安五年死，年二十六，瑜死时年三十六，故知在今年也。」

《通鉴考异》为了考证薛仁果抑或薛仁杲之名，依据校正新、旧《唐书》等中人名的讹误，又兼以昭陵六骏的铭文：

清代《四库全书总目》评《通鉴考异》：

张煦侯《通鉴学》一书将司马光的考异方法归纳为六类：参取众书而从长者、两存者、两弃者（即皆不取）、两疑而节取其要者、存疑者、兼存或说于《考异》中者。

近代史家陈寅恪认为司马光的「长编考异法」源自魏晋的佛经「合本子注」，所谓「裴世期之注《三国志》，深受当时内典合本子注之薰习，此盖吾国学术史之一大事。而后代评史者，局于所见，不知古今学术系统之有别流，著述体裁之有变例，以喜聚异同，坐长烦芜为言，其实非也。」