王宗祐跟隨王建入西川，擔任彭州刺史，後來因為攻打東川有功，改任邛州刺史。天祐元年（904年）二月，唐昭宗被朱全忠劫持，派遣密使拿御札向西川節度使王建告難。王建以邛州刺史王宗祐為北路行營指揮使，率兵會同鳳翔李茂貞的軍隊迎接昭宗，到達興平後，遭遇朱全忠的汴州軍隊，不能前進而返回。王建開始自用墨制任命官員，說：「等候陛下回到長安再上表奏報。」朱全忠滅亡唐朝，王建也建立前蜀稱帝。永平元年（911年），岐王李茂貞聚兵到前蜀東部邊界，王建任命王宗侃為北路行營都統，任命兼侍中王宗祐、太子少師王宗賀、山南節度使唐道襲為三招討使，左金吾大將軍王宗紹為王宗祐的副手，率領步騎兵十二萬，討伐岐王李茂貞。三月初八，王宗侃等從成都出發，旌旗招展連綿數百里。青泥嶺之戰，蜀兵戰敗，王宗祐無功而返。