荀邃是魏晉年間政治家荀勗的孫子、司空荀藩長子。他了解音樂，擅長談論，二十歲時趙王司馬倫授予相國掾，之後轉任太子洗馬。長沙王司馬乂召他出任參軍，之後司馬乂敗亡，成都王司馬穎獲封皇太弟就找來他出任中舍人。鄴城失守，荀邃跟隨父親荀藩在密縣；其後琅邪王司馬睿召授他丞相從事中郎，但他因為路途危險而不接受任命；晉愍帝加他官左將軍、陳留太守，到父親逝世時去職，守喪期滿後襲封父親的西華縣公爵位。

晉愍帝打算納荀邃的女兒入後宮，就先任命他為散騎常侍；不過他害怕長安被攻陷就拒絕應命，並東渡長江，晉元帝任命他為軍諮祭酒。大興年間荀邃官拜侍中，他和掌權的刁協成為姻親；刁協想提拔他為吏部尚書，但他拒絕了。其後王敦討伐刁協，刁協黨羽都被殺，唯獨荀邃因為疏遠刁協而獲免。王敦上表讓荀邃擔任廷尉，他以生病婉拒，後來出任太常和尚書。到蘇峻之亂爆發，他和與王導、荀崧在石頭城侍候晉成帝；至亂事平定後去世，贈官金紫光祿大夫，諡號靖，兒子荀汪嗣爵。

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