生平

早年生涯

據《明史》記載，方孝孺自幼聰明好學、機警敏捷，雙眼炯炯有神，每天讀書量超過一寸厚，被鄉人稱呼為「小韓子」（小韓愈）。長大後拜大儒宋濂為師，為同輩人所推崇，即使身為長輩的胡翰、蘇伯衡均自稱不如。方孝孺亦常把闡明王道、追求天下太平為己任。一次方孝孺臥病在床，家裡斷糧後家人相告，方孝孺反笑道：「古人所說『三旬九食』，貧窮是常有的事。」後其父方克勤因空印案受牽連被誅殺，方孝孺為此扶喪歸葬、哀慟行路。直到服喪結束後，再跟從宋濂完成學業。

洪武十五年（1382年），因東閣大學士吳沉、楊樞的舉薦，明太祖朱元璋召見了方孝孺。太祖見方孝孺舉止端莊，學問淵博，稱讚他是個不可多得的人才。此後方孝孺為仇家所牽連，被逮捕入應天府。朱元璋看到其名後，釋放歸鄉。洪武二十五年，方孝孺再次因舉薦被召見。由於方孝孺力主施行仁政，先德化而後政刑；而太祖則主張以猛治國，運用嚴刑峻法控制官民，所以他沒有對方孝孺加以重用。雖然如此，太祖卻有意栽培方孝孺，於是任命其為陝西漢中府教授。後太祖之子蜀王朱椿聞其賢，聘為世子師，並親題「正學」二字贈其書齋。

輔佐建文帝

洪武三十一年（1398年），明太祖死，皇太孫朱允炆繼位，即為明惠帝。惠帝即位後，即遵照太祖遺訓，召方孝孺入京委以重任，先後讓他出任翰林侍講及翰林學士。惠帝敬重方孝孺，讀書時每有疑難即向他請教，處理國家大事也會徵求他的意見，有時還會讓方孝孺批復群臣的奏章。當時宮中纂修《明太祖實錄》及《類要》等史籍，皆由方孝孺擔任總裁。後定官制，孝孺改為文學博士。惠帝對方孝孺有知遇之恩，使方孝孺十分感激，他也決心竭盡全力輔助惠帝治理天下。

當時各地藩王勢力日益增大，惠帝聽從兵部尚書齊泰和太常寺卿黃子澄的削藩建議，以加強中央集權。駐守北平的燕王朱棣（即後來的明成祖）遂以「清君側」為名，誓師「靖難」，揮軍南下京師。惠帝亦派兵北伐，當時討伐燕王的詔書檄文都出自方孝孺之手。

因為燕軍驍勇善戰以及建文帝等人的錯誤指揮和判斷，王師逐漸失利。建文三年，燕軍攻占大名。方孝孺建議道：「燕兵在大名長久停頓，天氣炎熱，定會不戰自疲。請急命遼東部隊進入山海關進攻永平、真定部隊進攻北平，燕兵必然回援。我們再發兵攻擊撤退部隊，即可擒下。」明惠帝贊同，並命方孝孺草擬詔書，派遣大理寺少卿薛嵓抵達燕軍，並赦免燕王罪行，使其罷兵回藩。又為宣諭數千言授于薛嵓，派其在燕軍中秘密傳散。薛嵓抵達後卻藏匿宣諭不敢出，而燕王朱棣亦不奉詔。同年五月，吳傑、平安、盛庸發兵擾燕軍餉道，燕王復遣指揮武勝上書請求罷免三者職位，惠帝將要批准時，方孝孺稱：「一旦兵罷後，就不可能聚起了，請不要被迷惑。」惠帝于是決定堅持與燕軍作戰。不久，燕王朱棣攻占沛縣，燒毀糧船。當時黃河以北部隊無戰功，而山東德州的餉道被封，方孝孺為此憂心焦慮。于是建議惠帝派遣錦衣衛千戶張安帶璽書于燕世子朱高熾，假借與朱高熾簽訂密約為由，離間朱高熾與其弟朱高煦，使朱棣生疑北返，以打通通往德州的餉道。後送遞時，朱高熾得書不啟封，離間于是未能成功。

建文四年（1402年）五月，燕軍抵達長江以北，惠帝下詔在各地徵兵。方孝孺稱：「情形已經非常緊急了。宜派遣人答應割地，以拖延時間，東南各地的募兵才能匯集起來。燕軍不善于水戰，在長江上決戰，勝負還尚未定。」惠帝于是派遣堂姑慶成郡主到燕軍勸說，朱棣不聽，惠帝于是派遣水軍集合。然而，水師大將陳瑄卻將戰艦投降燕軍，使其得以渡過長江。同年六月，惠帝非常憂愁恐懼，有人勸其轉移到其他地方，再圖複興。而方孝孺則力請堅守南京應天府，以待援軍。即使事有不濟，也會為社稷而死。然而，李景隆開金川門讓燕軍入城，後惠帝在宮內自焚而死（一說他由地道逃亡，從此失去蹤跡）。燕王進京後，文武百官多見風轉舵，投降燕王。方孝孺拒不投降，結果被捕下獄。

不屈而亡

當時方孝孺已經是名聞天下的第一大儒，其學識品德為四海所稱頌。朱棣起兵時，其謀士姚廣孝曾對他說，「城破之日方孝孺是決不會投降的，但萬萬不能殺他，否則天下讀書種子（能承先啟後的讀書人）將會滅絕。」朱棣點頭答應。其實，朱棣也有意借用方孝孺的威信來收攬人心，所以當燕軍攻破南京後，朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降，希望由他撰寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。隨後朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻帶孝而入，悲慟至極，哭聲響徹大殿。

朱棣上前安慰方孝孺，告訴他惠帝已死，並勸他輔助自己即位，就像周公輔佐成王一樣。方孝孺厲聲質問朱棣：「那成王（意指惠帝）在哪？」朱棣稱惠帝已經自焚。方孝孺繼續質問：「那為何不立成王的兒子（意指惠帝的兒子）為君呢？」朱棣答道：「國賴長君。」方孝孺繼續追問：「為何不立皇弟呢？」朱棣則稱：「此朕家事。」並命人將筆墨投到方孝孺面前，聲稱：「詔天下，非先生草不可。」強迫他寫詔書。方孝孺接過筆，寫上「燕賊篡位」幾個字後，即擲筆於地，罵道：「死即死耳，詔不可草。」朱棣見方孝孺寧死不屈，即威脅道：「汝不顧九族矣！」方孝孺義無反顧地斥責說：「便十族奈我何！」朱棣怒不可遏，命人把其押赴集市施以磔刑，時六月二十五日。。

方孝孺被打進死牢時，明成祖朱棣派人大肆搜捕方孝孺在京的親屬，並在行刑當日把他們押往刑場，在方孝孺面前一一殺害，場面十分殘忍。方孝孺的弟弟方孝友將要被殺的時候，方孝孺看著弟弟，流下了眼淚，方孝友說：「阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。華表柱頭千載後，旅魂依舊到家山。」

方孝孺強忍悲痛，始終不屈。被凌遲殺害於南京聚寶門（今中華門）外，時年四十六歲。《明史》中為施以淩遲。

方孝孺被殺後，無人敢收屍，戴德彞撫屍慟哭不已，絕食三日，有詩云：「臨危生死決須臾，為國寧憐家與軀？繼志情殷愧力短，承先念切遇時渝。關山欲斷春秋淚，骨肉長分南北區。手澤遺今無復守，聊憑風雨泣桑榆。」最後方孝孺遺骸由門人廖鏞、廖銘收葬于聚寶門外山上，隨後兩人也因此連坐被誅。方孝孺妻子鄭氏與子方中憲、方中愈上吊自殺，兩個女兒亦跳入秦淮河自盡。

方孝孺的宗族親友前後受誅者達數百人，受牽連者達數千人，其門人中以身殉者有盧原質、鄭公智、林嘉猷，史稱「誅十族」。

身後

永樂二十二年，明成祖朱棣駕崩後，長子明仁宗朱高熾繼位。同年11月，朱高熾寬待齊泰、黃子澄、方孝孺等建文忠臣族人，並赦免之。齊、黃二人各有一子被找到並赦免。方孝孺未找到子嗣，找到了其堂兄方孝複，並赦免方孝複。萬曆十三年三月，釋放因方孝孺連坐的戍邊後裔，其分別流放到浙、贛、閩、粵、蜀等地的人數有一千三百餘人。有地方縣志記載孝孺可能並無絕後，《明實錄》亦記載方孝孺的幼子方德宗是為數不多的倖存者。 方德宗其後為逃避追捕，南逃至廣東東莞一帶。

明世宗時期，松江人俞斌自稱為方孝孺後人，並纂寫《歸宗錄》，一時士大夫均紛紛相信，之後才被方氏後人察覺。

明神宗時期，有詔書褒獎記錄建文年間忠臣、並在南京建造表忠祠，祠中所列人物中，徐輝祖為首，其次即為方孝孺。

弘光帝時期，贈孝孺為太師，諡文正。妻鄭，諡貞愍。

閩南人則尊之為王爺神，稱方孝孺、鐵鉉、景清為三府千歲。

毛澤東輕視方孝孺，據陳伯達回憶，他有次向毛澤東推薦方孝孺寫的《深慮論》，毛澤東說：「他自己的命運怎麼樣？他自己的命運都慮不到，要談甚麼深慮？」

著作

方孝孺著作甚豐，內容醇深雄邁。當時每出一篇，人們紛紛傳誦。其撰有《周禮考次》、《大易枝辭》、《武王戒書註》、《宋史要言》、《帝王基命錄》、《文統》等。永樂年間，朱棣查禁他的所有著作，並令藏匿方孝孺文集者死罪。章樸及其弟因收藏方孝孺文集而被殺。其門人王稌潛錄制的《侯城集》，為現在傳世之作。