章学诚著《文史通义》是因为校雠《汉书·艺文志》，为了要「辨章学术、考镜源流。」，认为六经是古代实际政治社会发展的记录，并不是「载道之书」，这种见解，根本推翻了「守六经以言道」的传统观点，给九十年后的国故整理与疑古风气，提供了理论基础。「六经皆史」同时还指出，单纯的编纂和考证不算是史学，史学得有个人见解才成，所以在史学上便提出编修通史。他以为通史具有「六便」（免重复、均类例、便铨配、平是非、去抵牾、详邻事）和「二长」（即具剪裁、主家法）的特点。

章学诚在书中还提出整理「方志」的主张，即编修一地的历史演变。章学诚主张方志要立三书：记载大事和人物的「通志」、记载典章制度的「掌故」、和记载文献诗文的「文徵」。为了便于搜集文献资料，章学诚还提出了各州县建立志科的主张。

「六经皆史」并非是章学诚之独创，最早可追溯至先秦《庄子》之《天道》、《天运》诸篇，但章学诚的可贵处在于提出完善的哲学体系，也就是「即器明道」的理论。「道」与「器」将六经与史学联系起来。章氏以为「三代学术，知有史而不知有经，切人事也」，反覆强调六经皆先王之政典，「六经皆先王得位行道，经纬世宙之迹，而非托于空言。」。章氏再次重申：「六经特圣人取此六种之史以垂训者耳。」

嘉庆三年，章学诚以《文史通义》初刻稿呈送朱锡庚，当时章学诚被「盗卖毕公《史考》」流评所扰。嘉庆六年十一月，章学诚临终前将全稿交给王宗炎校定，王宗炎编次三十卷，道光六年，宗炎未定稿而卒，稿本再归沈曾植。道光十二年（1832年）出版。刘承干据沈氏藏本重新增补，加入《和州志》三卷，《永清县志》十卷，《乙卯札记》、《丙辰札记》、《知非札记》、《阅书随札》和《信摭》各一卷，别为外编十八卷，定名《章氏遗书》，1920年出版。章学诚曾言：「尝谓百年而后，有能许《通义》文辞，与老杜歌诗同其沉郁，是仆身后之桓谭也。」