家世及早年经历

林兆恩生于明正德十二年，出身福建书香世家。林兆恩祖父林富为弘治年间进士，曾大理评事、广西参政、兵部侍郎等官，与王守仁过往甚密。父亲林万仞受林富荫恩太学生，叔父林万潮和兄林兆金亦为进士为官，可谓出身官宦世家。

年轻时被认为有才能，但18-28岁间，三次乡试都未中颇受挫折，开始对科举厌恶，一度隐身山林拒绝举业。

中年：建立三教合一思想与社团

他在三十岁开始，开始对儒道释三家思想作了探求，四处拜访有道人物，走访寺庙，并阅读各家经典，其中包括结识了道士卓晚春，成为挚友，彼此谈论道理，当时莆田人称为「卓狂林颠」，后来卓晚春也成为三一教中陪祀林兆恩的人物。林兆恩受到三教的影响，但一度对当世的三教颇失望，直到受他所谓「明师」（无法确定其明师真实身分为何）的指点，才得以脱出受缚，而走向他创立的三一教。

他在开始时并未自称教主，而是把他融合三教作为学问，嘉靖三十年（1551年）他接受第一位弟子黄州，之后几年内许多福建的人纷纷求教于他，达到数十人，当时为类似学术团体的形式，彼此探讨三教学说。在嘉靖三十七年，他建立了三教堂，将团社阶成天、地、人三会，并制定相关的礼仪，吸引了更多的人拜师。嘉靖四十五年，以「三纲先生」自号。

在六十岁（1577年）前后之时，他的学说已大致成熟，且在福建名气已盛，许多人都慕名请教，包括名将戚继光在福建时也慕名请教

除了思想本身的探求这外，他在这期间艮背法（一种气功疗法）帮人医病，吸引了下层社会的人民，而在倭寇入侵的环境下，组织其成员参与社会救助，包括收尸、救济、超渡等活动，获得一般民众的支持

晚年：由学术和社会团体转向宗教

在中年时期他仅作为学术思想团体的领袖以及社会活动家，但在晚年，其社团逐渐宗教化，他也由思想家转成为宗教家。

这种发展，首先是在各地建立三一教堂，其次制定了入教仪式，把儒家的伦理道德转化为宗教戒律，林兆恩著述中的佛道等宗教成分增加，他本人则在信徒的推波助澜下逐渐成为宗教偶像，成为「三一教主」，并藉由一些「神迹」，以及道术炼丹等方式，增加神秘性和对下层人民的吸引力，因此更吸收了大量的信徒。

即使到晚年，他还是希望以儒教为主，吸收佛、道信仰，但其中展现一些矛盾，因佛道二教更具宗教特性，而引入二教常又削弱儒教的影响力，这是他始终面临而无法完全解决的问题。

死后的发展

林兆恩去世时，三一教已有了数十万信众，他死后，其门徒分成五支，将该教传播开来，在南方各省最为流行，后来也传播到东南亚等地，该教信徒都以林兆恩作为教主加以敬拜

2011年，福建省莆田市三一教协会正式成立，三一教成为继中华东正教会之后第二个获得中国政府认可的（五大宗教之外的）区域性宗教团体。

祭祀

台湾台北市大安区夏教养圣堂、新竹市香山区南港南华宫主祀之。