後晉天福年間，以文章聞名京師。後漢初年，曾經勸杜重威不要造反，杜重威不聽，被貶為遼州司戶參軍。在後周，歷任魏縣令、南樂縣令。北宋建立後，拜為監察御史。由魏縣改知光州，轉任殿中侍御史。乾德三年，知制誥。乾德六年，加集賢院修撰，轉戶部員外郎。宋太祖征太原，王祐知潞州，運輸軍餉沒有缺漏，路亦無塞，班師，召還。他取代符彥卿為魏博節度使，辯明符彥卿無罪。改知襄州，平定荊南、湖南後，改知潭州。入朝，攝判吏部銓。王祐判門下省，曾經力拒盧多遜害趙普之謀，盧多遜出王祐為鎮國軍行軍司馬。太平興國初年，改知河中府。入為左司員外郎，拜中書舍人，充史館修撰。歷任知開封府、兵部侍郎。去世時六十四歲。其子王懿、王旦、王旭。