方孔炤為方大鎮之子。萬曆四十四年（1616年）成丙辰科進士，授嘉定州知州。調任福寧知州、兵部主事。天啟初年，為職方員外郎。因忤崔呈秀，被削籍。崇禎元年（1628年）復起為尚寶司卿，尋丁外艱，廬墓三年。崇禎七年甲戌發生民變，焚掠巨室，獨不與而因靖亂，撫按表薦之，起南璽卿。

孔炤精通醫學、地理、軍事。崇禎十一年，官至右僉都御史，巡撫湖廣，剿寇九戰八捷。因與楊嗣昌不合，以香油坪之敗，遂下大理寺獄。後得減罪，僅戍紹興。不久召入陛見，任河北屯撫。甲申明亡後歸隱白鹿山，讀書著述。清順治十二年（1655年）卒，葬樅陽橫埠合明山，門人稱之為貞述先生。著有《全邊略記》、《周易時論》等。其中《全邊略記》第十二卷卷末附《大明神勢圖》。有子方以智，崇禎十三年庚辰進士。

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