荀奕年輕時為太子舍人、駙馬都尉，侍講東宮。出任鎮東參軍，行揚武將軍、新汲令。晉愍帝擔任皇太子承制，召他為中書舍人、散騎侍郎。荀奕隨父南渡長江，晉元帝任命他為中庶子、給事黃門郎，因父喪離任，服喪完畢，補任散騎常侍、侍中，于儀制時有參議。當時，朝廷讓曹魏的後代陳留王出修築宮城的勞役。荀奕反對，認為陳留王屬于二王三恪，地位在三公之上，應該免除勞役，尚書張闓、僕射孔愉反對荀奕，認為《春秋》諷刺宋國不為東周築城，二王三恪服役符合禮制。荀奕認為宋國在周朝末年有列國之權，而陳留王沒有列國之權。朝廷聽從荀奕的意見。咸和七年（332年）荀奕卒，追贈太僕，謚定。