蕭合卓開始為突呂不部之吏。統和初年，任南院侍郎。統和十八年（1000年），北院樞密使韓德讓推薦他為中丞。統和二十八年（1010年）二月，奉皇太后蕭綽之命出使北宋。回國後，為北院樞密副使。開泰三年（1014年），任左夷離畢。蕭合卓常在遼聖宗側近，明習典故，善于占對。開泰五年（1016年）四月，擔任北院樞密使。開泰六年（1017年），蕭合卓為都統，王繼忠為副都統，蕭屈烈為都監攻打高麗國興化軍，沒有獲勝。回國後，求任用的人在門前排隊，蕭合卓生活與之前沒有不同。聖宗知道他清廉，把皇族之女嫁給蕭合卓之子為妻。太平五年（1025年），蕭合卓臥病在床。聖宗想要探望他，蕭合卓以皇帝見而傷心固辭。十二月，北府宰相蕭樸探病，蕭合卓抓住他的手說：「吾死，君必為樞密使。慎重不要推舉超過自己的人」。蕭樸出來後很鄙視他。當日蕭合卓去世。其子蕭烏古為突呂不部節度使。