其父徐振甲曾在清河為官，徐端隨父同行，在河堤上遇到老兵吏，常請教河流疏導之法。捐貲候選通判，任東河河工，升為同知、知府。他熟悉河務，嘉慶年間，出任河東河道總督和江南河道總督，治南河七年，先後督理數次黃河、淮河、運河工程；多次籌劃治河方策。上疏請治雲梯關沙淤，培築桃源以下堤工，增築東西二壩等。以河患革職。嘉慶十七年卒。著有《回瀾紀要》、《安瀾紀要》。