洪武末年為工科給事中，建文年間因罪謫雲南為吏。明成祖即位，將建文朝所罷官員官複原職，馬麟得以召還。進授兵科都給事中。馬麟無所建樹，好諂諛，專以攻擊告發別人為能事。成祖時間久了也討厭他，對馬麟等說：「奏牘一字之誤也告發，太煩碎了。偽謬改正即可，不必奏聞。」馬麟等上言：「奏內有不稱臣之人，不可寬宥。」成祖說：「那也是偶有脫漏。言官當陳奏軍國大務，細故可略去。」之後，擢升為右通政。成祖一日對侍臣說：「四方頻頻上奏水旱，朕很不能安寧。」馬麟回答：「水旱是天數，堯、湯時代也難免。一二郡有災，也沒有多少害處。」帝曰：「《洪範》裡說雨天晴天，都是關乎人事，你這種話，是因為沒有學問才說的。」馬麟慚愧而退。馬麟居言路，糾彈諸司無虛日。他曾署兵部事，只一天，就犯錯，被人劾奏，從此稍稍收斂。在通政使司八年，在官任上去世。