于璽年輕時有才幹，在北周初任右侍上士。不久官至儀同，領右羽林，轉任少胥附。周武帝時，跟隨齊王宇文憲在洛陽打敗北齊軍，以功賜爵豐寧縣子，食邑五百戶。再跟隨周武帝平北齊，加開府，改封黎陽縣公，食邑一千二百戶，轉任職方中大夫。周宣帝嗣位，轉任右勛曹中大夫。不久領右忠義。

楊堅為丞相，加于璽為上開府。楊堅建立隋朝，于璽進位大將軍，拜為汴州刺史，很有才能之名。隋文帝楊堅聽說後認為他很好，特地下詔褒揚，賜給他絲帛百匹。不久加上大將軍，進爵郡公。轉任邵州刺史，在邵州幾年，對百姓有恩惠。後來檢校江陵總管，邵州人張願等數十人，到京城上表，請留下于璽。文帝讚嘆很久，令他回到邵州，父老相賀。不久轉任洛州刺史，再為熊州刺史，也有好的政績。因病徵還京師。仁壽末年，在家中去世，謚號靜。有子于志本。