慕容超把他過去的親信公孫五樓當做心腹。405年，慕容超即位後，任命公孫五樓為武衛將軍，領屯騎校尉，內參政事。封孚認為慕容鐘、段宏到外地去鎮守；公孫五樓在朝中輔佐是不妥的。慕容超不從。慕容鐘、段宏不平，說：「黃犬之皮，恐怕終將要補狐裘了。」公孫五樓聽說這話之後，懷恨在心。406年，公孫五樓打算獨攬朝政大權，在慕容超面前進讒言陷害北地王慕容鐘。他毀誹、排斥元老重臣，逼反大臣慕容法等。408年，慕容超于是下令大赦，罷免了公孫五樓等人，但不久又再次任用。

409年二月，公孫五樓的哥哥公孫歸和慕容興宗、斛谷提等人率領騎兵攻克東晉的宿豫。公孫五樓任侍中、尚書、領左衛將軍，在朝中專權，總攬國政，他的宗族親屬也都在朝廷官居顯要位置，王公大臣、朝廷內外，對他沒有不忌憚害怕的。尚書都令史王儼諂媚巴結公孫五樓，幾年來屢次升遷，無功竟官至左丞。所以當時百姓根據這些編了句歌謠：「欲得侯，事五樓。」慕容超又派公孫歸等侵犯東晉的濟南。

劉裕率東晉軍隊來討伐，慕容超召集大臣商議。征虜將軍公孫五樓說：「吳兵輕裝果決，利在速戰，不可爭鋒。應該據守大峴，讓他們無法進入，拖延時間，沮其銳氣，然後挑選精騎二千人，沿海濱南下，絕其糧道，再令段暉率兗州的軍隊在後背處進攻，此為上策。分別命令各地官員依險固守，保留自己所用的糧食物質，剩下的全部燒毀，全部割光田野中的莊稼，讓敵人不能補充給養，晉軍既沒糧草，求戰不得，一個月之間，我軍可以坐制。此為中策。把賊軍放入峴山，然後我們再出城迎戰，此為下策。」結果，慕容超採取了下策。退朝後，輔國將軍廣寧王慕容賀賴盧對公孫五樓說：「如果一定這樣的話，亡國也就沒幾天了！」六月十二日，劉裕大軍抵達東莞郡。慕容超先派公孫五樓、慕容賀賴盧以及左將軍段暉等人統領步騎五萬人屯據在臨朐，聽說東晉兵馬已經通過峴山，便親自帶領步、騎兵共四萬人前去迎戰，並派公孫五樓率領騎兵開進巨蔑水據守。東晉部隊的前鋒孟龍符與他展開激戰，將他打敗，公孫五樓敗退而走。

410年，賀賴盧、公孫五樓挖了一條地道出來襲擊東晉部隊，卻不能把他們擊退。公孫五樓拒戰而逃，南燕國亡。