生平

隆安二年（398年）九月，會稽王司馬道子任命司馬恢之為驃騎司馬、丹楊尹，率領兵馬作為自己的援兵。九月乙巳（398年10月12日），桓玄在白石大敗晉軍，隨後與楊佺期進兵橫江，司馬尚之敗退，司馬恢之率領的水軍全軍覆沒。

隆安五年六月甲戌（401年6月27日），孫恩從海上攻至丹徒，有士兵十餘萬人，樓船一千多艘，東晉政府大為震動。六月乙亥（401年6月28日），朝廷派冠軍將軍高素、右衛將軍張崇之駐守石頭城，輔國將軍劉襲柵斷淮口，丹楊尹司馬恢之戍守南岸，冠軍將軍桓謙、輔國將軍司馬允之、游擊將軍毛邃守備白石，左衛將軍王嘏、領軍將軍孔安國屯兵中皇堂。徵召豫州刺史、譙王司馬尚之守衛京師。

元興元年（402年），桓玄進入京城後，將司馬恢之和他的弟弟司馬允之流放到廣州，在路上將他們殺害。晉安帝複位後，追贈司馬恢之為撫軍將軍。

家庭

兄弟

• 司馬尚之，東晉假節、前將軍、豫州刺史、譙忠王

• 司馬允之，東晉吳國內史、廣晉伯

• 司馬休之，東晉假節、都督荊雍梁秦寧益六州軍事、平西將軍、荊州刺史

兒子

• 司馬文深，東晉高陽王，過繼給叔曾祖高陽王司馬毅