生平

仕晉時期

他初以父親的功勞封宜陽縣開國侯，歷次升遷官拜輔國將軍、吳國內史。隆安三年（399年），孫恩率眾進攻下會稽，並殺太守王凝之，三吳諸郡都有人起兵響應孫恩，桓謙聞亂出奔無錫（今江蘇無錫）。後桓謙獲徵召入朝擔任尚書，不久又先後轉任驃騎大將軍司馬元顯的諮議參軍及司馬。

元興元年（402年），司馬元顯要討伐荊州刺史桓玄，司馬元顯心腹張法順認為桓謙是桓玄在朝中的的耳目，應該除去，又建議命令劉牢之去下手，以測試其忠心。但司馬元顯不聽從，反而想藉助桓謙父桓沖在荊州的威望去安撫荊州人，於是調桓謙為都督荊益寧梁四州諸軍事、西中郎將、荊州刺史。

桓楚重臣

同年，桓玄消滅司馬道子、司馬元顯勢力，掌握朝政，就以桓謙為尚書左僕射，領吏部，加中軍將軍，甚得桓玄倚仗。後改封寧都侯，升任尚書令，加散騎常侍，不久再遷任侍中、衞將軍、開府、錄尚書事。元興二年（403年），桓玄篡位稱帝，桓謙加領揚州刺史，封新安郡王。

元興三年（404年），劉裕起兵討伐桓玄，並進攻建康，桓玄於是命桓謙與何澹之出屯東陵（今南京九華山東北），與屯於覆舟山西的卞範之一同抵禦劉裕。但因桓謙等軍主要也是北府軍出身，面對北府軍將領出身的劉裕並沒鬥志，於是桓謙等大敗。及後隨桓玄西奔江陵（今湖北荊州市荊州區）。

繼續抗晉

同年五月，桓玄敗死，江陵亦被晉軍收復，桓謙藏匿在沮中。不久桓振襲取江陵，桓謙亦召集部眾響應，至閏五月己丑日（6月26日）重奪江陵，並俘虜仍在江陵的晉安帝。當時桓振打算殺害晉安帝，在桓謙竭力勸止下，終保存了晉安帝的性命，又與江陵群臣奉還玉璽給晉安帝。桓謙於是復任侍中、衞將軍，加江、豫二州刺史。桓振奪江陵後縱情酒色，肆意誅殺，當時桓謙勸桓振率兵出戰，自己留守江陵，但因桓振向來輕視桓謙而沒有聽從。

義熙元年（405年），晉軍反攻江陵，桓振留桓謙及馮該守江陵，親自率兵進攻南陽太守魯宗之，但當時劉毅已於江陵城外二十里的豫章口擊敗馮該，桓謙於是棄城出逃，劉毅於是成功收復江陵，桓振見此亦自潰。桓謙與桓怡、桓蔚、何澹之及溫楷等人於是投奔後秦。

義熙三年（407年），西蜀君主譙縱向後秦稱藩，後更上表以討伐劉裕為名向後秦借兵，又求後秦派桓謙入蜀協助。當時後秦天王姚興就特別問桓謙意見，桓謙也同意入蜀，然而姚興卻說：「小水池容不下大魚，若果譙縱他憑自己力量可成事，也就不必請你去協助他了。你最好還是自求多福吧。」桓謙到成都後虛心招引蜀地士人，終惹來譙縱懷疑，安置他於龍格（今四川雙流），並命人監視他。

義熙六年（410年），當時東晉正在鎮壓盧循的叛亂，譙縱於是趁機向後秦請兵進伐東晉，桓謙於是獲譙縱任命為荊州刺史，與譙道福共率二萬進攻東晉荊州。桓謙在道上招集當地支持桓氏的民眾，又招得了二萬人，並屯駐於枝江（今湖北枝江西南），一度威脅江陵，江陵人民甚至向桓謙報告城內狀況。東晉荊州刺史劉道規決定水陸並進，進攻桓謙；桓謙亦以水軍配以步騎兵與劉道規決戰，但桓謙最終戰敗，想要投靠前來助攻的後秦前將軍苟林，但被追擊的劉道規所殺。

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