蕭吉博學多通，尤精陰陽算術。江陵陷落，于是歸順北周，為儀同。周宣帝時，蕭吉見到朝政日亂，上書懇切勸諫。周宣帝不納。隋朝建立，進上儀同，以本官太常的身份考定古今陰陽書。蕭吉性情孤僻，不與公卿合流，又和楊素不協，于是被世俗排斥，鬱郁不得志。見隋文帝喜愛預卜吉凶災祥，想要通過這些仕進，于是改變行為取悅皇帝。開皇十四年（594年）上書：「今年是甲寅年，十一月辛酉朔那天冬至。來年是乙卯年，正月朔旦，以庚申為正月初一，冬至之日，就在朔旦。《樂汁圖徵》上說：『天元十一月朔旦冬至，聖王受享祚。』現在聖主在位，居于天元之首，朔旦冬至，這是第一件喜慶。冬至辛酉日，正是陛下的本命日。辛德在丙，這個十一月建丙子；酉德在寅，正月建寅，為本命與月德合，而居元朔之首，這是第二件喜慶。庚申日，即是行年，乙德在庚，卯德在申，來年乙卯，是行年與歲合德，而且在元旦，這是第三件喜慶。《陰陽書》上說：『年命與歲月合德者，必有福慶。』《洪範傳》上說：『歲之朝，月之朝，日之朝，主王者。』經書都說年月日三長相應和，延年有福吉慶。況且甲寅年冬至在年初，十一月是陽之始，初一是冬至，是聖王的上元日。正月是正陽之月，歲之首，月之先。朔旦是歲之元，月之朝，日之先，好日子的會聚合。本命為九元之先，行年為三長之首，都和年月合德。所以《靈寶經》上說：『角音龍精，其祚日強。』明年命納音都說角音，曆法按照常規推算，吻合如同符契。甲寅、乙卯之年，是天地陰陽之氣相互交合的時候。甲寅之年，以辛酉冬至，來年乙卯，甲子那天夏至。冬至過後陽氣開始上升，是祭天的日子，那天即是至尊本命，這是第四件喜慶。夏至過後陰氣開始上升，是祭地的時刻，那天正是皇后的本命日，這是第五件喜慶。陛下的恩德如同天之覆育眾生，皇后的仁愛如同地之載養萬物，所以天地兩儀的元氣一起聚合在陛下和皇后的生辰日期上。」文帝聽後大喜，于是賞賜蕭吉五百段帛。

楊勇為太子，說東宮多鬼怪，多次見老鼠搗鬼。隋文帝令蕭吉到東宮，驅除邪氣。在宣慈殿設神坐，有迴風從艮地鬼門吹來，掃過太子座位。蕭吉以桃湯葦火驅逐，風出宮門就停止。又祭祀土地，在未地設壇，建造四門，設置五帝座位。當時很冷，有蛤蟆從西南來，進入人門，登上赤帝座，又從人門而出。走了數步，忽然不見。文帝大驚，賞賜優厚。又上書說太子坐不穩寶座，當時文帝暗中想要廢立，聽他的話認為很對。于是經常被顧問。

獨孤皇后崩，文帝命令上儀同三司蕭吉為獨孤皇后選擇葬地。蕭吉選到一塊吉地，說：「占卜年可以延續楊家基業二千年，占卜世可以延續皇統二百世。」文帝說：「吉凶之事在于人不在于地。北齊後主高緯埋葬他的父親難道就沒有占卜嗎？但是北齊很快就亡國了。正如我家的墓地，如果說不吉，我就不應作天子，如果說不凶，我弟弟就不應戰死。」但最後文帝還是聽從了蕭吉的建議。蕭吉上表：「上個月十六日，皇后山陵西北，雞沒叫之前，有黑雲方圓五六百步，從地連到天。東南又有旌旗車馬帳幕，布滿七八里，還好像有人往來檢查，部伍很整齊，日出才消失，一起見到的有十餘人。謹考察《葬書》上說：『氣王與姓相生，大吉。』現在黑氣當冬王，與姓相生，是大吉利，子孫無疆的徵兆。」隋文帝大悅。其後皇帝將親臨送葬，蕭吉再上奏：「至尊本命辛酉，今年斗魁和天岡臨于卯酉，謹考察《陰陽書》，不得臨喪。」文帝沒有採納。蕭吉退朝後告訴族人蕭平仲說：「皇太子楊廣派宇文左率向我深表謝意說：『您從前說我會當太子，竟然得到了驗証。我終歸是不能忘記您的。現在您占卜陵地，務必讓我早些繼承皇位，我作了皇帝後，一定以富貴來報答你。』我對他說：『四年之後，太子應會君臨天下。』現在山陵雲氣感應，皇帝又臨喪，徵兆更加顯現了。其實要是太子得掌朝政，隋朝就要滅亡了！當有真君主來出治世。我先前哄騙人說：『占卜可以延續二千年』，「二千」其實是「三十」二字，連起來寫很相似；『占卜可以延續二百世』是只傳二世的意思。你記住這事。」

隋煬帝嗣位，拜蕭吉為太府少卿，加位開府。曾經路過華陰，見楊素墓地上有白氣連天，秘密告訴隋煬帝。隋煬帝問原因，蕭吉說：「這預示楊素家當有兵禍，滅門之象。改葬或許可以免禍！』隋煬帝後來從容對楊玄感說：「你家應該早早改葬。」楊玄感不知道原因，以為吉祥，託辭遼東高句麗未滅，沒有時間料理自己家門之事。不久，楊玄感造反族滅，隋煬帝更相信蕭吉。一年多後，在官任上去世。著有《金海》三十卷，《相經要錄》一卷，《宅經》八卷，《葬經》六卷，《樂譜》二十卷及《帝王養生方》二卷，《相手版要決》一卷，《太一立成》一卷。