幼年師從王徹，學習五經。王徹死後，其門人數百。孫奭精通經術，有問經的人，都為他們解析微旨，眾人驚服，年輕時在家鄉講授諸經。端拱二年（989年）九經及第，授莒縣（今山東莒縣）主簿，升遷為大理評事、國子監直講。宋太宗親臨國子監，召孫奭講《尚書·說命》，講到「事不師古，以克永世，匪說攸聞」時，引經諷勸。太宗褒賞，賜五品服。宋真宗時任諸王府侍讀，再擢拔為工部郎中、龍圖閣待制。貶至河陽知縣。孫奭生性方直，守道自處。據事理，陳己見，深得皇帝器重，也為時人所敬佩。大中祥符元年（1008年），皇上將迎「天書」，奭對曰：「臣愚，所聞『天何言哉』，豈有書也？」多次勸阻真宗祀汾陰。大中祥符二年（1009年）判國子監。大中祥符六年（1013年）真宗欲祀太清宮，孫奭又上疏反對，指出明皇之跡不可效，並作《解疑論》。孫奭繼承了「夫民，神之主也」的重民輕神的傳統，對「勞民事神」的迷信活動進行批判，並建議「抑損虛華，斥遠邪佞，罷興土木」。于是出知密州。二年後，遷左諫議大夫。後任給事中。天禧年間，朱能獻《乾祐天書》，他複上書力斥其妄。宋仁宗即位，擇名儒為侍讀，命孫奭擔任翰林侍講學士，每講至君昏國亡之事，必反覆規諷。參與修《真宗實錄》。孫奭奉敕與邢昺等校定諸經正義，考正《尚書》、《論語》、《孝經》、《莊子》、《爾雅》等書的謬誤，用以補充陸德明《經典釋文》的不足。天聖四年（1026年）宋仁宗命孫奭等人詳校唐代律疏，天聖七年（1029年）校畢刊行。孫奭等曾撰《律音義》一卷與律文並行。知審官院，判國子監。丁父憂起複以後，累遷兵部侍郎兼龍圖閣學士。後改禮部尚書，以太子少傅致仕。明道二年（1033年）六月卒於家，得年七十二。有《賡載集》，已佚。有子孫瑜。

曾在宮中講學二十餘年，奉敕校定趙岐《孟子注》。今本《孟子正義》即孫奭所著。朱熹《朱子語錄》則謂邵武士人假託，非奭所注。《四庫全書總目題要》從之，後收入《十三經註疏》，是諸註疏最劣的一種。平生著作有《經典征言》五十卷、《崇祀錄》、《樂記圖》、《五經節解》、《五服制度》、《解疑論》、《真宗實錄》。另著《孟子音義》、《爾雅釋文》等書。 對法律有所研究，著有《律文音義》1卷，《律令釋文》1卷。《孟子正義》十四卷、《律文音義》一卷，今存。《爾雅釋文》一卷，佚。

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