晏清中萬曆四十七年（1619年）己未科進士。授蕪湖知縣，有清廉的名聲；改吳江知縣，蕪湖民請他留任。吳江吏來迎接，在路上相爭，不得行，再宿乃去。吳江水澇，他為民請命，擢升為吏部驗封司主事。天啟年間，魏忠賢請封其從子魏良臣為伯爵；晏清阻止。吏部尚書周應秋削晏清籍。崇禎初年，以原官起用。崇禎九年（1636年），張獻忠騷擾蘄州、黃州，焚黃岡縣楓香橋一帶；文學鄧雲程兜甲執鐵鞭，率鄉兵數千格鬥退敵。張獻忠駐黃岡縣白楊山，縣民被殺六、七萬人；晏清率父老向湖廣巡撫王夢尹請兵，王夢尹不應。晏清任驗封司郎中，周延儒勾結太監王化民入吏部，奏轉任晏清為廣東鹽法道僉事。弘光元年（1645年），晏清任尚寶司卿；隆武二年（1646年），晏清任太僕寺卿：但都沒有赴任。當時江州、黃州已經淪陷至滿清。朱由榔即位，擢升他為吏部左侍郎，辭官不至。李成棟破廣東，晏清避地潯南。永曆帝在南寧，擢升為吏部尚書。吳貞毓以主事任吏部侍郎，詆毀晏清。晏清為方端士所重，吳貞毓沒有什麼作為。永曆四年（1650年），吳貞毓為戶部尚書，與王化澄一起陷害晏清，晏清辭官；皇帝不許。詔獄興起，晏清進諫，皇帝不聽；于是移病不起，拜表即行。在潯州不久病卒，年七十三歲。