生平
萬曆十一年（1583年）登癸未科進士，曾官國子監司業、祭酒，請罷礦稅。得罪司禮監秉筆太監田義，放歸。萬曆四十一年（1613年）葉向高舉薦方從哲出任禮部右侍郎。同年九月，與吳道南同加禮部尚書、東閣大學士，多次上書言事，萬曆四十四年（1616年）努爾哈赤號後金國汗，建元天命。方從哲疏請曰：「今缺餉至于數月，諸軍飢不得食，寒不得衣。……宜速發內帑數十萬，先盡該鎮，次及九邊，用以抒燃眉之憂。」但神宗不納。從哲獨相七年，雖然不乏上疏力言國事，但往往只著重於名義上的爭取，實將順從皇帝的意思，終庸庸無所匡救。
光宗時，方從哲任內閣首輔，將李可灼帶進宮內任鴻臚寺丞，進呈紅丸，皇帝吃了一丸之後，直呼「忠臣！忠臣！」下午三時復進一丸，九月一日五更時暴斃，在位僅二十九天。這是明朝著名的紅丸案。禮部尚書孫慎行聲討方從哲與李可灼。方從哲為了脫罪，說「李可灼沒有罪，給皇帝治病就該賞銀。」定調為「進藥不效，但亦臣愛君之意」。
泰昌元年（1620年）十一月三、二十日，連續兩次上書乞休。熹宗慰留之。十二月二十八日，批准。李可灼發戍邊疆。天啟年間，徐大化請起從哲，但從哲不出。崇禎元年（1628年）卒。
身後
贈太傅，謚文端。
家族
長子方世鴻，廕尚寶司丞。其人不學無術，萬曆四十六年（1618年）狎妓時涉入妓女墜馬事件。被巡城御史薛貞彈劾。從哲上疏請辭，得到神宗慰留。
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方從哲（？ - 1628年），字中涵，直隸大興縣（今北京市）人，錦衣衛籍，祖籍浙江德清縣，明朝政治人物，萬曆癸未進士，仕至內閣首輔。