生平

先世自閩遷粵，為中國首富伍秉鑒第五子，邑廩生出身。

道光二十一年（1841年），第一次鴉片戰爭英軍圍廣州，靖逆將軍奕山戰敗請降，允賠償英軍贖城等費，伍崇曜出資800,000餘銀元。因與義律調停通商，被民眾當成漢奸。三元里民謠：「一聲炮響，二律埋城，三元里頂住，四方炮台打爛，伍紫垣頂上，六百萬講和，七錢二兌足，八千斤大炮未燒，久久打下，十足輸曬。」

道光二十九年（1849年），與廣州各洋行聯合抵制英商，抗議英國侵華暴行。

咸豐三年（1853年）助總督葉名琛雇覓火輪攻剿太平軍。咸豐四年（1854年），廣東天地會起事圍攻廣州，又先自行捐輸，召募壯丁守城，繼而廣勸富商出貲，助葉名琛扼守水陸要衝，抵抗會眾。咸豐七年（1857年），第二次鴉片戰爭英法聯軍攻占廣州，受命於巡撫柏貴與英領事巴夏禮交涉。先後受清廷賜舉人出身，候補郎中、候選道臺、加布政使銜、榮祿大夫等銜。

伍崇曜平日喜搜購古籍，藏書之所名「粵雅堂」，又名「遠愛樓」。所有祕本皆請人代為校訂，延請道光舉人譚瑩為其評別挑選，致力于搜書、藏書、刻書，仿四書全書之例，書後必加題跋，編有〈遠愛樓書目〉，重視鄉邦文獻、與孤本秘籍，如刻有張金吾的《金文最》等少見書籍。所輯刻之書，涉及經史考訂、天文、音韻、樂理、金石、算書、地理、詩文集、人物傳記、書目等，尤其《粵雅堂叢書》為著名大型叢書之一，諸體兼收。

同治二年（1863年）陰曆十月二十四日去世時，粵民稱慶。

身後

1959年，海燕電影製片廠製做電影《林則徐》時，伍崇曜曾被考慮作反派主角。

1998年，電子角色扮演遊戲《俠義豪情傳─禁煙風雲》伍崇曜為反派NPC。

刻書

伍崇曜刻書名聲與鮑廷博、黃丕烈、錢熙祚等藏書家齊名，前後所輯刻書總計書260種，2266卷，有：

• 《嶺南遺書》六集，59種，343卷。

• 《粵十三家集》13種，182卷。

• 《楚庭耆舊遺詩》三集，74卷。

• 《粵雅堂叢書》三編三十集，185種，1347卷。

• 《輿地紀勝》200卷。

• 《金文最》120卷。

逸事

• 廣州特產雞仔餅據說與伍崇曜有關。

• 廣州傳說伍崇曜在白晝被雷劈死。