蕭祐年輕時貧困。耿介正直刻苦學習，事親以孝聞名。司農卿李實督促百姓交納官租，蕭祐居喪，未及交納，李實召見他，將要責備他。正好有皇帝的賞賜，蕭祐代寫奏章，李實稱道，推薦于朝。守孝期滿，以隱士征拜左拾遺。官至考功郎中。蕭祐博雅好古，非常喜歡圖畫。通曉前代鐘繇、王羲之遺法，蕭子云、張僧繇筆勢，辨別真偽排序，編成二十卷，元和十四年（819年）九月初三，考功郎中蕭祐進獻古畫、古書二十卷。唐憲宗下詔嘉賞，授兵部郎中。出任為虢州刺史，入朝為太常少卿，轉任諫議大夫。一個月後，為桂州刺史、御史中丞、桂管防禦觀察使。太和二年（828年）八月，在任上去世，贈右散騎常侍。著有《無射商九調譜》一卷。蕭祐平易恬靜、閒靜淡泊，善于鼓琴賦詩，書畫都很絕妙。神遊林壑，終日詠唱詩歌，名人高士，多與他交遊。給事中韋溫與他結為林泉之友，稱他為「山林友」。