萬曆三十七年（1609年）舉人，歷任山東定陶縣知縣、北京中城兵馬司指揮、戶部河南清吏司主事、員外、郎中，萊州府知府。

崇禎四年（1631年）閏十一月，孔有德在吳橋發動兵變，第二年正月，攻克登州府。朱萬年拒絕孔有德的招降，率兵堅守萊州。崇禎帝派山東巡撫徐從治、登萊巡撫謝璉率軍到萊州援助朱萬年。四月，徐從治被孔有德的紅衣大炮擊傷而死。七月，孔有德假意請求招安，崇禎帝命謝璉、朱萬年到孔有德營中宣旨，被孔有德所俘虜。孔有德命朱萬年勸降城中，朱萬年不屈而死。崇禎六年四月，明軍平叛，孔有德渡海投降後金。