司馬申的祖父司馬慧遠是南梁的都水使者；父親司馬玄通則是南梁的尚書左民郎。司馬申年少有風度氣概，十四歲就擅長圍棋，曾跟隨父親侍候吏部尚書到溉，其時梁州刺史陰子春、領軍朱異在場。陰子春熟悉司馬申，於是叫他一同下圍棋，他每次有妙著，朱異觀看而覺得奇異，因此帶他遊歷。南梁邵陵王蕭綸出任丹陽尹，起用司馬申為主簿。太清之難時父母去世，因此決心終身只吃菜。梁元帝承制，他擔任開遠將軍，遷為鎮西外兵記室參軍。侯景入侵郢州，他隨同都督王僧辯據守巴陵，進獻的策略都有效用用。王僧辯驚歎：「馳騁戰場未必是這小子的所長，若要他安撫民眾守城，一定會有功績。」王僧辯討伐陸納時司馬申在軍中，這時敵軍突然到達，王僧辯部下後退，他自身掩護王僧辯，用楯遮住前進，會合裴之橫的救兵，敵軍於是退卻，王僧辯對司馬申笑說：「仁者必有勇，不是假的！」除授散騎侍郎，到紹泰初年遷任儀同侯安都的從事中郎。

陳霸先受禪建立南陳，司馬申獲授臨川王陳蒨的諮議參軍。天嘉三年（562年）遷任征北諮議參軍，兼廷尉監。兩年後（564年），除授鎮東諮議參軍，兼任起部郎，外任為戎昭將軍、江乘縣令，任內有政績。之後他入朝出任尚書金部郎，遷左民郎，因公事免任。太建初年，朝廷起用他為貞威將軍、征南鄱陽王陳伯山的諮議參軍。太建九年（577年），擔任秣陵縣令，在職期間有清正能幹的名聲，有白雀築巢在縣庭。任滿不久擔任東宮賓客，又兼東宮通事舍人，轉遷員外散騎常侍，仍然為東宮通事舍人如故。陳叔陵叛亂，事情不成功就佔據東府，司馬申趕快傳召右衛蕭摩訶率兵來到殺死陳叔陵，進入城中沒收陳叔陵府庫，陳後主十分嘉獎他，因功獲授太子左衛率，封文招縣伯，食邑四百戶，兼任中書通事舍人。很快遷為右衛將軍，加通直散騎常侍。

其後他因病回家，加散騎常侍，仍然為右衛、舍人。至德四年（586年）去世，陳後主很傷心，追贈為文招縣侯，增邑到五百戶，諡忠；又給與一套朝服，一襲衣服，並協助喪事。陳後主又為他寫下墓誌銘，內容悲傷淒切，可見他十分寵幸司馬申。

司馬申侍奉南陳三朝皇帝，掌管機密，軍國大事都能立刻判斷；但他也因此作威作福。他個性狠心，喜歡寫匿名信誹謗忠直的人，朝臣沒有不受害的人；參與謀略時會對外宣稱時自己的力量，部門機密往往也會洩露。他也果斷勇敢，善於應對，觀察人的臉色。背逆自己的人一定秘密詆譭；親近自己的人會找機會機舉薦。於是朝廷內外都依從他的喜好。尚書右僕射沈君理去世，朝廷議論以毛喜代替出任。司馬申憂慮毛喜會參與朝政，就向陳後主詆譭毛喜：「毛喜是我的妻兄，宣帝時稱陛下有酒德，需要逐去宮臣，陛下忘記了嗎！」結果毛喜被廢錮。他又與施文慶、李脫兒結黨營私，進讒言殺害傅縡，奪取任忠部隊給蔡徵、孔范，令朝廷文武解體，南陳覆滅。他曾在尚書下省睡覺，有小鳥啄他的嘴，血流到地下，當是的人認為是他以為誹謗忠賢的報應。他的兒子司馬琇嗣爵，官至太子舍人。

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