石琳初授佐領，兼禮部郎中。康熙時歷任山東按察使、河南按察使，浙江布政使，湖北巡撫、雲南巡撫。三藩之亂時，于湖廣擊叛軍，于浙江安撫地方，裁革陋規，嚴禁加征火耗。吳三桂亂平，上疏請改定雲南賦額。康熙二十五年（1686年），請更正雲南《賦役全書》八項，得准行。於1689年8月19日－1702年12月17日期間，奉旨接替吳興祚擔任廣東廣西總督。全名為「總督兩廣等處地方提督軍務、糧饟兼巡撫事」的該官職，是兼轄廣西地區的廣東、廣西兩省之最高統治者，亦為清朝封疆大吏之一。康熙四十一年卒。