创设

始设于明景泰二年（1451年），驻节于南直隶淮安府城（今江苏省淮安市楚州区），全称为「总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道」，不仅管理跨数省长达3000多华里的运河沿线，并且还地方行政事务，在明代和清初（1649－1659）兼庐凤巡抚，管理凤阳府、淮安府、扬州府、庐州府和徐州、和州和滁州3州；自清末的1860年（咸丰十年）起节制江苏长江以北诸镇、诸道。而各省的督粮道，都隶属于漕运总督。

隋唐以后历代朝廷都十分重视运河漕运，以其为国家经济的命脉。自隋代开凿大运河，朝廷就在淮安设漕运专署，宋设江淮转运使，东南六路之粟皆由淮入汴而至京师。明朝在设立漕运总督之前，1404年，永乐皇帝设武职漕运总兵，为正二品衔，率12万军队，专门负责漕运。1451年，设立文职的漕运总督，与总兵同理漕务，称为文、武二院，二者享有同等的权力。每年年初，总漕巡视扬州，经理瓜洲和淮安的漕船过闸事宜，总兵到徐州督管漕船过百步洪、徐州洪等，同理漕参政管押赴京。1621年，才裁撤漕运总兵，而专任文职。

每年漕船到达这里后，需接受漕台衙门的盘查，上万艘粮船的船工水手、漕运官兵在此停留，南来北往的商人在此进行货物交易，旅客也在此盘桓，更加之在这里设常盈仓两处、常平仓两处、预备仓三处、庄仓五处。因此促成淮安城市的繁荣：「扬州千载繁华景，移在西湖嘴上头。」

漕运总督的属下有理漕参政、巡漕御史、郎中、监兑、理刑、主事等级别和职掌各不相同的属官。督催有御史、郎中，押运有参政，监兑、理刑管洪、管厂（造船厂），管闸有主事。文官武将及各种官员达270多人；还下辖仓储、造船、卫漕兵丁2万馀人。其中规模最大的造船厂位于清江浦。

裁撤

1860年，裁撤南河总督，将漕运总督从淮安府城移驻原南河总督署，15千米外的清江浦。

1901年，清朝颁布停漕改折的命令。保留每年从上海海运漕粮一百万石至天津，再改由铁路火车运到北京。

1905年初，由于漕运已停，裁撤漕运总督及各省粮道等官，改置江淮巡抚，驻扎清江浦，同年也被裁撤。　　

明朝时期

明太祖朱元璋曾经设置京畿都漕运司与漕运使，专门负责漕运。洪武元年，漕运使为正四品官员，并设置知事，正八品，提控案牍，从九品，属官监运，正九品。洪武十四年，罢黜。明成祖朱棣打败明惠帝之后，因永乐迁都，设置漕运总兵官，命平江伯陈瑄治理漕运。宣德年间，明宣宗派遣侍郎、都御史、少卿等官监督漕运。景泰二年，因漕运不断，明景帝命副都御史王竑为首任漕运总督，兼巡抚淮安府、扬州府、庐州府、凤阳府四府；徐州、和州、滁州三州，治理淮河。

成化八年，分设立巡抚、总漕各一员。次年，恢复旧制。正德十三年，又分设；三年后又恢复旧制。嘉靖三十六年，因抵御倭寇进犯，增设提督军务巡抚凤阳都御史。嘉靖四十年，合并，改为总督漕运兼提督军务。万历七年，加兼管河道。

清朝时期

顺治、康熙

雍正、乾隆

嘉庆、道光

咸丰、同治

光绪

漕运总督部院遗址

现在位于淮安市淮安区城区中心的漕运总督部院遗址，与淮安城南门、门前的镇淮楼、后面的淮安府衙在同一条中轴线上。这里最初由宋乾道六年（1170年）录事陈敏兴修建，元时为淮安路总管府，1293年阿思重修。明洪武元年（1368年）淮安知府范中政改建为淮安府署。洪武三年（1370年），知府姚斌改为淮安卫指挥使司。成化五年（1469年），通判薛淮重修，嘉靖十六年（1537年），都御史周金在城隍庙东新建都察院分署。隆庆五年（1571年）知府陈文烛将此重修。万历七年（1579）都御史凌云翼将淮安府迁往城隍庙东，移总督漕运部院于此。漕运公署机构庞大，整个建筑有213间，占地约三万平方米。