生平
早年
出身士人，本生祖吕熯娶明朝藩王淮庄王朱佑楑长女南城郡主，为淮府仪宾；由于南城郡主的亲生子女皆夭折，吕熯另纳妾沈氏。沈氏生下吕留良之父吕元学；母杨氏。吕留良于崇祯二年（1629年）正月二十一日生于浙江嘉兴府崇德县登仙坊祖居，而生父已经在前一年的九月过世，因而一出生就需服丧。少时由三兄吕愿良夫妇照顾，后来三嫂去世，便过继给了堂叔吕元启为嗣。但在十五岁前，吕留良的生父、生母、嗣父、嗣母相继去世，「未尝脱衰绖」。
年轻时，吕留良师从徐甘来学习四书，读过朱熹的《四书集注》便笃信不疑。博学多艺，有二十四绝技，又有嗜砚之癖，黄宗羲曾赠给他一方八角砚。崇祯十七年（1644年）甲申之变发生，吕留良得知之后哭声震天、悲痛欲绝，有人劝他何必如此自苦，吕留良回答说「今日天崩地坼，神人共愤，君何出此言也」。并且从此鄙薄诗词歌赋，将从前的作品一并烧毁，「以遂其志义」。
清初
弘光元年（顺治二年，1645年），清兵南下，江南各地抗清斗争此起彼伏。吕留良曾同侄子吕宣忠（1625-1646）参加抗清义军，从吴昜于太湖中。后来水师败绩，吴昜、吕宣忠被俘，吕留良亲自送侄子上刑场，为此「咯血数升，几绝」。后来回忆说：
大约在顺治五年（永历二年，1648年），吕留良结束流亡生活回到崇德，但内心处于极度苦闷之中。顺治八年（永历五年，1651年）前后，三兄吕愿良和知交孙爽先后去世，吕留良「落魄不自振」。
顺治十年（永历七年，1653年），易名为吕光轮参加科举考试成为诸生，「每试辄冠军」，以至于后来曾静案时雍正皇帝说他「岁科屡试，以其浮薄之才，每居高等，盗窃虚名，夸荣乡里」。而在后来，吕留良为了这次出试的经历后悔半生，屡以「失脚」作为譬喻。此后以行医、出版为生，浪迹于江浙之间。与此同时，和江南的明遗民有颇多来往，与钱谦益、黄宗羲、黄宗炎、朱洪彝等人熟识，曾经「散万金之家以结客」而资助抗清势力。曾于顺治十八年（永历十五年，1661年）三月到常熟，为钱谦益祝贺八十岁生日。钱谦益将他改字为「留侯」，并且写了一篇《吕留侯字说》，期盼他能像张良报韩刺秦那样反清复明。
中年以后
康熙三年（永历十八年，1664年），与黄宗羲等人再访常熟，视钱谦益病笃而终。同年，东南抗清名帅张煌言被俘，于九月七日在杭州就义。吕留良作诗哀悼，并与万斯大设位祭奠，根据其遗愿将之葬在杭州南屏山麓。
康熙五年（永历二十年，1666年），嘉兴课试诸生，吕留良身为秀才也在被试之列，却提前谒见县教谕陈执斋，对他说「予从此不复为诸生矣，敢辞」，并且出示了此前写成的《耦耕诗》第二首：陈执斋最终同意了吕留良的请求，并与他多番次韵酬答，甚至成为儿女亲家。吕留良被除名后，「一郡大骇」，但本人却「怡然自快」，并且说「自此，老子肩头更重矣」。
吕留良与黄宗羲初时交善，思想议论互为辩驳，多见于吕著的《四书讲义》与黄著的《明夷待访录》。不过在康熙五年（永历二十年，1666年），两人因购书等事而生龃龉，于大约康熙九年（永历二十四年，1670年）之后近乎绝交。亦同张履祥、陆陇其等人有学问上的切磋。
入清以后，吕留良致力于评价八股文，因之推崇尊朱贬王的思想，至康熙十三年（1674年）而止。此后专心刻印朱子遗书，提倡朱子之学。并不愿与仕清的原明朝官员交往。
康熙十七年（永历三十二年，1678年），清廷下诏徵辟博学鸿儒，浙江全省「屈指」推荐吕留良。吕留良以「自誓必死」的态度坚辞不就，最终「得免」。康熙十九年（1780年），清廷再次徵辟隐逸，吕留良不得已剪发为僧，僧名耐可，字不昧，号何求老人，自嘲只是一个「村野酒肉和尚而已」。
吕留良所做的诗文，每多对明清异代的感慨，及希望在有生之年等看到有人能如同明朝明太祖一样推翻清朝的统治。偶尔作文自娱，其文有双关云：「清风虽细难吹我，明月何尝不照人？寒冰不能断流水，枯木也会再逢春！」
康熙二十二年（永历三十七年，1683年），八月十三日，卒于家中。同年，施琅攻取台湾，「明朔始亡」。
身后
后来，湖南人曾静在阅读吕留良的著作之后大受激励，在雍正六年（1728年）派遣门徒张熙游说川陕总督岳钟琪反清，被告发下狱，酿成了轰动一时的吕留良案。雍正帝亲著作《大义觉迷录》一书颁行全国，亲自解说驳斥吕留良的言论。
雍正七年（1730年）五月二十一日，雍正帝上谕：「曾静止讥及于朕躬（雍正帝自己），而吕留良则上诬圣祖（康熙帝）之盛德。曾静之谤讪，由于误听流言，而吕留良则自出胸臆造作妖妄。是吕留良之罪大恶极，诚有较曾静为倍甚者也」。
雍正七年（1730年）六月十五日，雍正帝谕曰：「吕留良、严鸿逵无父无君，著书显为谤讪，于本朝之大统肆为诋斥之词，于我圣祖（康熙帝）之深仁厚泽伟烈丰功，任意为诬蔑慢诅之语，其猖狂妄幻肆无顾忌，人人痛心疾首不共戴天，朕已降谕旨，将伊等极恶大罪之处，宣示中外诸臣，公议治罪」。
雍正七年（1730年）九月十二日，雍正帝谕曰：「吕留良好乱乐祸，私为著述，妄谓德佑以后天地大变亘古未经，于今复见，而逆徒严鸿逵等转相附和，备极猖狂，馀波及于曾静，幻怪相煽恣为毁谤。…徒谓本朝以满洲之君，入为中国之主，妄生此疆彼界之私，遂故为诬谤诋讥之说耳，不知本朝之为满洲，犹中国之有籍贯，舜为东夷之人、文王为西夷之人，曾何损于圣德乎…吕留良辈又借明代为言，肆其分别，华夷之邪说，冀遂其叛逆之志」。
雍正八年（1731年）十二月十九日，雍正帝谕曰：「即吕留良书籍中，有大逆不道之语，伏思我（康熙帝）圣德神功际天蟠地…岂吕留良所能亏蔽于万一乎」。
雍正十年（1733年）十二月十二日，下诏吕留良和其子吕葆中剖棺戮尸，子吕毅中斩立决，孙辈流放宁古塔为奴。
而曾静、张熙两人之罪则被雍正帝宽宥赦免，但他们必须于全国各地宣扬《大义觉迷录》雍正帝的作品。
但在乾隆帝继位之后宣布《大义觉迷录》毁去其版，禁止继续于民间刊印和发行此书。民间同情吕留良，开始虚构其孙女（一说女儿）吕四娘将雍正帝以血滴子刺杀，夺其首级而去。
在清朝末年，吕留良的著作对辛亥革命起到了推动的作用。如章太炎即曾表示，他十六七岁读到吕留良、曾静一案时「怅然不怡」，滋生「春秋贱夷狄之旨」，后来担任东三省筹边使时还专程到齐齐哈尔祭奠吕留良。辛亥革命胜利后，浙江都督汤寿潜将杭州西湖的彭公祠改为三贤祠，专祀吕留良及张煌言、黄宗羲。
家庭
长子吕葆中，名公忠，字无党，号冰葭，早先师从黄宗羲。吕留良反对儿子出仕，曾告诫他「父为隐者，子为新贵，谁能不嗤鄙」。不过，吕公忠在吕留良去世之后还是出仕，康熙二十六年（1687年）纳监入场，康熙三十五年（1695年）乡试终局，康熙四十五年（1706年）榜眼及第。
吕留良的后嗣部分被流放宁古塔，多以塾师、医药及商贩为业，遍及黑龙江地区，被称为「老吕家」。
学术
在学术上，吕留良推崇朱子与四书，认为「舍四子书之外，亦无可讲之学」，「救正之道，，必从朱子，求朱子之学，必于《近思录》始」。同时还将阳明心学的流毒当做是造成明亡的重要原因。
吕留良极为看重春秋尊王攘夷的大义，认为要比君臣之义更加重要：
史籍记载
• 《大义觉迷录》…至于厚待明代之典礼，史不胜书。其藩王之后，实系明之子孙，则格外加恩，封以侯爵，此亦前代未有之旷典。而胸怀叛逆之奸民，动则假称朱姓，以为构逆之媒。而吕留良辈又借明代为言，肆其分别华夷之邪说，冀遂其叛逆之志。此不但为本朝之贼寇，实明代之仇雠也。
• 《雍正朝起居注》雍正七年五月二十一日，雍正帝谕曰：吕留良者悍戾凶顽好乱乐祸自附明代王府仪宾之孙，追思旧国愤懑诋讥夫仪宾之后裔于戚属至为疏贱何足比，且生于明之末季当流宼䧟北京时，吕留良年方孩童，本朝定鼎之后，伊亲被教泽始获读书，成立于顺治年间应试得为诸生嗣经岁科屡试以其浮薄之才每居髙等盗窃虚名夸荣乡里，是吕留良于明毫无痛痒之关，其本心何曾有髙尚之节也，乃于康熙六年因考校失利，妄为大言弃去青衿，忽追思明代深怨本朝后以博学宏辞荐则诡云：必死以山林隐逸荐则剃髪为僧。按其岁月吕留良身为本朝诸生十馀年之久矣，乃始幡然易虑忽号为明之遗民，千古悖逆反覆之人有如是之怪诞无耻可可鄙者乎，自是著邪书立逆说䘮心病狂肆无忌惮，其实不过卖文鬻书营求声利，而遂敢于圣祖仁皇帝任意指斥公然诅骂，以毫无影响之事凭空撰造，所著诗文以及日记等类或镌板流传或珍藏秘密，皆人世耳目所未经意想所未到者。朕翻之馀不胜惶骇震悼葢其悖逆狂噬之辞非惟不可枚举。
其它
乾隆以后，中国的学者几乎谈吕色变。但吕留良的学说名气远播朝鲜等地，朝鲜的使者到中国便常常会问起「吕晚村何如人」、「吕晚村文集有无」之类的话题。
评价
• 顾炎武：一代豪杰之胤。
• 陆陇其：日读先生之书，高山仰止。
• 雍正帝：夫普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣。吕留良于我朝食德服畴，以有其身家，育其子孙者数十年，乃不知大一统之义。
• 车鼎丰：晚村吕子出，痛圣学之将湮，悯人心之陷溺，购刊遗书，广播宇内。于时文评语中，辄为之厘正是非，大声疾呼，以震醒聋聩，而朱子之学始皎然复明于世。
• 章太炎：天盖遗民吕用晦。
• 钱穆：自朱子卒至是四百馀年，服膺朱子而阐述其学者众矣，而绝未有巨眼深心用思及此者。自此以往，朱学益发皇，然无虑皆熟软媚上，仰异族恩威之鼻息，奉以为古圣先贤之渊旨。窥帝王之意向，定正学之南针。极其能事，尚有愧夫吴、许，更无论晚村所云云矣。然则晚村不愧清楚讲朱学一大师，于晦庵门墙无玷其光荣。
注释
参考书目
• 卞僧慧《吕留良年谱长编》
吕留良（1629年 - 1683年），别名光轮，字用晦，又字庄生，号晚村，别号有耻斋老人、耻翁、吕医山人、南阳布衣等，暮年剃发出家，法名耐可，字不昧，号何求老人。浙江嘉兴府崇德县（今桐乡市崇福镇）人，明末清初思想家、医学家。著有《东庄诗存》、《晚村先生文集》等等。