陆琼的祖父陆完是南梁琅邪、彭城两郡郡丞；父亲陆云公则是南梁的给事黄门侍郎。陆琼自小聪明懂思考，六岁就能写作五言诗，有文彩。大同末年，陆云公受梁武帝诏令修订《棋品》，到溉、朱异等人下棋完毕，陆琼当时八岁，在他们面前重新摆出原有棋局，于是他在京师以神童闻名。朱异告诉梁武帝此事，就下令召见陆琼，看到陆琼机警聪明，言语慎重，觉得非常惊奇。到他十一岁，父亲逝世，诚挚的哀伤使他很瘦弱，从祖父陆襄惊叹：「这孩子一定能担起家业，真难得。」后来侯景作乱，他带著母亲避居县内的西乡，勤力读书，从不懒惰，于是博学、懂得文章。

永定年间陆琼在州内推举为秀才；天嘉元年（560年），担任宁远将军，始兴王陈伯茂王府的法曹行参军，很快以本官兼任尚书外兵郎，以文学转兼任殿中郎，任满后改为实授。陆琼一直有良好名声，得到陈文帝赞赏，之后讨伐周迪、陈宝应等人的都官符及诸大手笔，诏令都由他执笔。他迁任新安王陈伯固的文学，掌管东宫管记。陈顼就任司徒，拣选幕僚，吏部尚书徐陵向陈顼推荐陆琼：「新安王文学陆琼见识广博，文史富足，在郎署工作多时，左西掾的出缺由他承当最适合。」就除授司徒左西掾，不久兼官通直散骑常侍，出使北齐。

太建元年（569年），陆琼重新以本官掌管东宫管记，除任太子庶子，兼通事舍人；迁转中书侍郎、太子家令。长沙王陈叔坚为江州刺史，不守法规，陈宣帝以长沙王年少任命陆琼为长沙王长史，代理江州府国事，带任寻阳太守；陆琼以母亲年老不愿意远行，太子陈叔宝亦请求留任，于是并未成事。之后他累迁给事黄门侍郎，领羽林监，转官太子中庶子，领步兵校尉，又领授大著作，编写国史。陈后主即位，陆琼在中书省任职，掌管诏令，很快就获授散骑常侍，兼任度支尚书，领扬州大中正。至德元年（583年），转正任度支尚书，参与掌管诏诰君主文告，并负责廷尉、建康刑事。最初，陆琼的父亲陆云公奉梁武帝命令编纂《嘉瑞记》，他继承父亲的工作续写，自永定到至德年间写出独特的见解。其后他改任吏部尚书，依然担任著作。陆琼熟悉谱谍，明白人伦，早时吏部尚书宗元饶逝世，右仆射袁宪推举陆琼，但陈宣帝未任用，到此时才得任用，号称称职，后主十分重用他。

陆琼个性谦虚俭约，不会扶植自己势力，虽然官位声望鼎盛，但操守不改。家中的园林房间不曾改建，使用的车马衣服不追求华丽，所得的禄俸都分配给族人，家中并无多馀金钱。晚年的他深感知足，规避权贵，经常称病不管政事，不久因母亲逝世辞官。当初陆琼侍奉东宫，他的母亲跟随在官舍居住，陈后主赏赐优厚；其后陆琼母亲灵柩回乡，朝廷下诏赠送财物协助丧事，并派遣谒者黄长贵持册奠祭，后主又为他的母亲写下墓志铭，朝野都觉得这是陆琼的荣誉。不久陆琼过份伤心，在至德四年（586年）去世，虚龄五十，赠领军将军，协助丧事，有文集二十卷传世。

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