生平
據《呂李姓源碑》載，其先祖是元末菜農，因向明軍報信而立功，得到朱元璋獎賞，並詔其回鄉安居，然而朱元璋在手詔中誤將「呂」姓寫作「李」。至呂坤時，方上奏將「李」姓改回「呂」姓。
嘉靖四十年（1561年），呂坤中河南鄉試第三，隆慶五年（1571年）會試中式，但因母親去世，回鄉服喪。萬曆二年（1574年）守喪期滿，補應殿試，中三甲第50名，同賜進士出身，出任山西省襄垣知縣，萬曆四年（1576年）調大同縣知縣。萬曆六年（1578年）升吏部主事，之後多年沒有升遷，於此期間結識楊東明 (萬曆進士)，呂坤長子呂知畏並娶東明長女為妻。萬曆十五年（1587年）升任山東濟南道參政。萬曆十七年（1589年）遷按察使，萬曆十九年（1591年）升陝西右布政使，隔年以都察院右僉都御史、巡撫山西。
萬曆二十二年（1594年），呂坤升左僉都御史，次年升刑部右侍郎，不久轉左。萬曆二十五年（1597年）上《憂危疏》勸明神宗勵精圖治：「自萬曆十年以來，無歲不災，催科如故。……今國家之財用耗竭可知矣。數年以來，壽宮之費幾百萬，織造之費幾百萬，寧夏之變幾百萬，黃河之潰幾百萬，今大工、採木費，又各幾百萬矣。」呂坤還在疏中言採礦一事：「朝廷得一金，郡縣費千倍。」皇帝不予理會。
呂坤在山西按察使時，輯錄歷史上的賢媛淑女事跡，撰成《閨範圖說》，由宦官陳矩帶入宮內，受到明神宗贊賞。之後朝廷出現國本之爭，朝臣支持皇長子常洛，但神宗寵信鄭貴妃，並打算把鄭貴妃所生的皇三子常洵立為太子。萬歷二十六年（1598年），有匿名者撰題《憂危竑議》，號稱《閨範圖說》之跋，廣傳京師。文中稱呂坤與外戚鄭承恩、戶部侍郎張養蒙，山西巡撫魏允貞等九人結黨依附鄭貴妃。給事中戴士衡彈劾呂坤通過鄭承恩向鄭貴妃獻書，交結宮禁，包藏禍心。最後御史趙之翰進言，認為武英殿大學士張位為主謀，張位被免職，張的人馬禮部侍郎劉楚先、右都御史徐作免官，國子祭酒劉應秋出京，給事中楊廷蘭、禮部主事萬建昆謫戍典史，是為「第一次妖書案」。
呂坤對官場黑暗深為不滿，稱病退休。萬曆四十六年（1618年）病逝于家，之前將其未刊行的手稿焚燒。卒葬寧陵縣東南。天啟元年（1621年），追贈為刑部尚書。
學術思想
呂坤反對朱熹的理氣二分說，厭惡理學家中虛偽、迂腐、淺薄的末流，希望越過理學、佛學、道家、法家以回歸先秦的儒學，甚至肯定「我只是我」，以個人體驗發揮儒學。他誇大了禪學對理學的影響，以為程顥和王陽明「皆自憚悟入」。
他在哲學上堅持氣一元論，認為：「天地萬物只是一氣聚散，更無別個。」（《呻吟語·天地》）「道器非兩物，理氣非兩件，成象成形者器，所以然者道；生物成物者氣，所以然者理。」（《呻吟語·談道》）批判了理學家把道與器、理與氣分割開來和「理在氣先」等說法。他提倡獨立思考，對于傳統聖人之論多有懷疑。理學、佛教、道教都有偏頗之處。
著作
• 《呻吟語》，成書于1593年的筆記體哲學著作
• 《去偽齋文集》
• 《實政錄》（內含《鄉甲約》，見鄉約）
• 《交泰韻》，音韻學著作
• 《陰符經注》
• 《小兒語》
• 《近溪隱君家訓》明萬曆辛卯(公元1591年)石碑保存太原雙塔寺
