生平
武清侯李偉之女，嫡母或生母王氏。根據其父親李偉行狀，李氏生于嘉靖丙午（1546年）冬十一月。庚戌（1550年）秋，「虜闖近郊畿輔戒嚴」。她隨家人遷居北京，後入裕王府，具體時間無記載。裕王朱載坖即為日後的明穆宗。李偉行狀指李氏最初為裕王妾室，然據《明史》中李氏傳記記載，她初為王府宮人。。
李氏在裕王府和丈夫登基初期的生活細節無記載，僅知在1563年，李氏生裕王第三子朱翊鈞，即明神宗。1565年，生裕王第三女朱堯娥。1566年，丈夫裕王朱載坖即位，是為明穆宗。第二年（1567年3月），李氏生穆宗第四女朱堯媖。同年三月，封為皇貴妃，冊文如下：
隆慶二年（1568年），生次子朱翊鏐，同年，其子朱翊鈞被立為皇太子。1573年，生么女朱堯媛。李氏生下二子三女，為穆宗妻妾之中生育最多之人，但地位在李皇貴妃之上的陳皇后，只生有太和公主，卻早殤，陳皇后因無子多病，長期失寵，僅僅沒有正式被廢而已，與年輕美貌又兒女雙全的李貴妃是無法相比的。僅管如此，李皇貴妃並沒有恃寵而驕，反而對陳皇后恭讓有禮，相處融洽。
1572年，穆宗逝世，其子朱翊鈞即位，上尊號曰慈聖皇太后。本來舊時的制度，天子立，尊皇后為皇太后，如果先皇后不是新任皇帝的生母，則同時尊生母為太后，而給先皇后加上徽號以示區別。而在這時，太監馮保欲討李皇貴妃歡心，跟大學士張居正說起並尊，張居正上議，尊陳皇后為仁聖皇太后，李皇貴妃為慈聖皇太后，從此嫡庶無區別矣，這時李太后才二十八歲。陳太后住在慈慶宮，李太后則住在慈寧宮。張居正又請李太后視皇帝起居，因而太后徙居乾清宮。
由於神宗即位時年紀尚幼，由母親李太后代為處理朝政，而李太后是少有的精明強幹的女人，有識人之明，並沒有野心和權欲，萬曆初期，重用張居正與馮保，綜核名實，幾于富強，太后之力居多。太后父李偉封武清伯。李太后也從不會縱容自己親屬胡作非為，家人嘗有過，命中使出數之，而抵其家人于法。太后對官員頗寬容，御史曹學程曾經得罪萬曆帝，差點被處死，太后得知學程之母甚老，於是幫學程向皇帝求情，才沒被殺，但入獄十年。
明朝的皇帝，只有神宗嗜利，萬曆帝對李太后表示：「年來無恥臣僚，盡貨以獻張、馮二家。」李太后不置可否，也讓皇帝有十足的把握去抄張居正的家。
李太后是個端正嚴謹的女人，教導神宗頗為嚴格。小皇帝犯錯，太后召他長跪，歷數其過，有一次甚至幾乎要將神宗廢位，萬曆六年（1578年），神宗大婚，太后遂返回慈寧宮。六年三月，加尊號曰慈聖宣文皇太后。萬曆十年，加尊號曰慈聖宣文明肅皇太后。萬曆十二年，與陳太后一同謁山陵。同年患眼疾而不愈，陝西漢中府洋縣智果寺僧人智果治療有功，神宗朱翊鈞為表謝意，于十四年頒施藏經678函（6780卷），並賜金命太監會同漢中府知府田禮門，修建藏經樓一座，御書「敕賜智果寺」敕額一面。
萬曆二十九年（1601年），加尊號曰慈聖宣文明肅貞壽端獻皇太后。萬曆三十四年（1606年），加尊號曰慈聖宣文明肅貞壽端獻恭熹皇太后。萬曆四十二年二月初九崩（1614年3月18日），上尊謚曰孝定貞純欽仁端肅弼天祚聖皇太后，合葬昭陵，別祀崇先殿。
國本之爭
明神宗曾經一時意亂情迷而臨幸了李太后的宮女王氏，王氏受孕後，神宗非常後悔。太后召問神宗，神宗起先不承認是他的作為，太后命人取《內起居註》查看，神宗至此方勉強承認，並被迫封王氏為恭妃。當時宮中稱宮女為「都人」，神宗因此稱王氏之子朱常洛為「都人子」，不喜歡常洛。由於李太后出身也是「都人」，太后大怒，罵神宗：「爾亦都人子！」神宗惶恐，跪在地上叩首請罪，不敢起立。
王氏頗不得寵，神宗寵愛的鄭貴妃生子朱常洵，於是神宗有意立朱常洵為太子，鄭貴妃與支持常洛的群臣互相傾軋，是為國本之爭，神宗在大臣逼迫下只好立常洛為太子，常洵為福王，封地洛邑。群臣想要讓福王趕緊到封邑去，避免留在北京，但鄭貴妃不願意，說要留福王在北京，等明年李太后生日的時候，好為李太后祝壽。李太后諷刺地說：「那我兒子潞王是不是也留在北京，等著為我慶生？」鄭貴妃只好打消念頭。
奇聞
有一次李太后患了目疾，女醫師劉氏、彭金花進宮為李太后治病，太后封彭金花為「夫人」。當時，彭金花已經懷孕，宮中規定孕婦絕對不可入宮，避免把外人之子，謊稱為皇帝所生的皇子。彭氏貪戀富貴，為了繼續入宮治療太后而不肯說實話。到了臨產的時候，彭金花產下男嬰，但心虛，當晚就將男嬰扔進溺器中溺斃。宮人們將此事奏告神宗，準備重罰彭氏，但太后憐其辛勞，只是將彭氏發配于禮儀房，並鞭刑三十逐出皇宮，將死嬰遺棄于北安門外。以後凡是女官入宮都要由接生婆和收生婆再三檢驗。此事發生後沒多久李太后就去世了。
根據《明史》記載，崇禎帝曾經將曾祖母李太后的姪孫李國瑞（其兄李文全之孫）收獄斃死。不久，崇禎帝第五子朱慈煥五歲病死，臨終前，說：「九蓮菩薩說，皇帝待外戚不好，將要使每個皇子都年少而亡。」這位九蓮菩薩就是已經去世的崇禎帝曾祖母李太后。因為李太后篤信佛教，在宮中的畫像，都端坐九蓮寶座之上，人稱「九蓮菩薩」。
備註
孝定太后（1546年 - 1614年）李氏，名不詳，直隸漷縣人，祖籍山西翼城縣，明穆宗皇貴妃，明神宗母親。明朝最後一位皇太后。因篤信佛法，又自稱九蓮菩薩。