生平
武清侯李伟之女，嫡母或生母王氏。根据其父亲李伟行状，李氏生于嘉靖丙午（1546年）冬十一月。庚戌（1550年）秋，「虏闯近郊畿辅戒严」。她随家人迁居北京，后入裕王府，具体时间无记载。裕王朱载坖即为日后的明穆宗。李伟行状指李氏最初为裕王妾室，然据《明史》中李氏传记记载，她初为王府宫人。。
李氏在裕王府和丈夫登基初期的生活细节无记载，仅知在1563年，李氏生裕王第三子朱翊钧，即明神宗。1565年，生裕王第三女朱尧娥。1566年，丈夫裕王朱载坖即位，是为明穆宗。第二年（1567年3月），李氏生穆宗第四女朱尧媖。同年三月，封为皇贵妃，册文如下：
隆庆二年（1568年），生次子朱翊鏐，同年，其子朱翊钧被立为皇太子。1573年，生么女朱尧媛。李氏生下二子三女，为穆宗妻妾之中生育最多之人，但地位在李皇贵妃之上的陈皇后，只生有太和公主，却早殇，陈皇后因无子多病，长期失宠，仅仅没有正式被废而已，与年轻美貌又儿女双全的李贵妃是无法相比的。仅管如此，李皇贵妃并没有恃宠而骄，反而对陈皇后恭让有礼，相处融洽。
1572年，穆宗逝世，其子朱翊钧即位，上尊号曰慈圣皇太后。本来旧时的制度，天子立，尊皇后为皇太后，如果先皇后不是新任皇帝的生母，则同时尊生母为太后，而给先皇后加上徽号以示区别。而在这时，太监冯保欲讨李皇贵妃欢心，跟大学士张居正说起并尊，张居正上议，尊陈皇后为仁圣皇太后，李皇贵妃为慈圣皇太后，从此嫡庶无区别矣，这时李太后才二十八岁。陈太后住在慈庆宫，李太后则住在慈宁宫。张居正又请李太后视皇帝起居，因而太后徙居乾清宫。
由于神宗即位时年纪尚幼，由母亲李太后代为处理朝政，而李太后是少有的精明强干的女人，有识人之明，并没有野心和权欲，万历初期，重用张居正与冯保，综核名实，几于富强，太后之力居多。太后父李伟封武清伯。李太后也从不会纵容自己亲属胡作非为，家人尝有过，命中使出数之，而抵其家人于法。太后对官员颇宽容，御史曹学程曾经得罪万历帝，差点被处死，太后得知学程之母甚老，于是帮学程向皇帝求情，才没被杀，但入狱十年。
明朝的皇帝，只有神宗嗜利，万历帝对李太后表示：「年来无耻臣僚，尽货以献张、冯二家。」李太后不置可否，也让皇帝有十足的把握去抄张居正的家。
李太后是个端正严谨的女人，教导神宗颇为严格。小皇帝犯错，太后召他长跪，历数其过，有一次甚至几乎要将神宗废位，万历六年（1578年），神宗大婚，太后遂返回慈宁宫。六年三月，加尊号曰慈圣宣文皇太后。万历十年，加尊号曰慈圣宣文明肃皇太后。万历十二年，与陈太后一同谒山陵。同年患眼疾而不愈，陕西汉中府洋县智果寺僧人智果治疗有功，神宗朱翊钧为表谢意，于十四年颁施藏经678函（6780卷），并赐金命太监会同汉中府知府田礼门，修建藏经楼一座，御书「敕赐智果寺」敕额一面。
万历二十九年（1601年），加尊号曰慈圣宣文明肃贞寿端献皇太后。万历三十四年（1606年），加尊号曰慈圣宣文明肃贞寿端献恭熹皇太后。万历四十二年二月初九崩（1614年3月18日），上尊谥曰孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇太后，合葬昭陵，别祀崇先殿。
国本之争
明神宗曾经一时意乱情迷而临幸了李太后的宫女王氏，王氏受孕后，神宗非常后悔。太后召问神宗，神宗起先不承认是他的作为，太后命人取《内起居注》查看，神宗至此方勉强承认，并被迫封王氏为恭妃。当时宫中称宫女为「都人」，神宗因此称王氏之子朱常洛为「都人子」，不喜欢常洛。由于李太后出身也是「都人」，太后大怒，骂神宗：「尔亦都人子！」神宗惶恐，跪在地上叩首请罪，不敢起立。
王氏颇不得宠，神宗宠爱的郑贵妃生子朱常洵，于是神宗有意立朱常洵为太子，郑贵妃与支持常洛的群臣互相倾轧，是为国本之争，神宗在大臣逼迫下只好立常洛为太子，常洵为福王，封地洛邑。群臣想要让福王赶紧到封邑去，避免留在北京，但郑贵妃不愿意，说要留福王在北京，等明年李太后生日的时候，好为李太后祝寿。李太后讽刺地说：「那我儿子潞王是不是也留在北京，等著为我庆生？」郑贵妃只好打消念头。
奇闻
有一次李太后患了目疾，女医师刘氏、彭金花进宫为李太后治病，太后封彭金花为「夫人」。当时，彭金花已经怀孕，宫中规定孕妇绝对不可入宫，避免把外人之子，谎称为皇帝所生的皇子。彭氏贪恋富贵，为了继续入宫治疗太后而不肯说实话。到了临产的时候，彭金花产下男婴，但心虚，当晚就将男婴扔进溺器中溺毙。宫人们将此事奏告神宗，准备重罚彭氏，但太后怜其辛劳，只是将彭氏发配于礼仪房，并鞭刑三十逐出皇宫，将死婴遗弃于北安门外。以后凡是女官入宫都要由接生婆和收生婆再三检验。此事发生后没多久李太后就去世了。
根据《明史》记载，崇祯帝曾经将曾祖母李太后的侄孙李国瑞（其兄李文全之孙）收狱毙死。不久，崇祯帝第五子朱慈焕五岁病死，临终前，说：「九莲菩萨说，皇帝待外戚不好，将要使每个皇子都年少而亡。」这位九莲菩萨就是已经去世的崇祯帝曾祖母李太后。因为李太后笃信佛教，在宫中的画像，都端坐九莲宝座之上，人称「九莲菩萨」。
备注
孝定太后（1546年 - 1614年）李氏，名不详，直隶漷县人，祖籍山西翼城县，明穆宗皇贵妃，明神宗母亲。明朝最后一位皇太后。因笃信佛法，又自称九莲菩萨。