生平

祖父裴伯鳳，北周汾州刺史。父親裴定高，上儀同。裴仁基「少驍武，便弓馬」，隋文帝開皇初年為親衛。從軍參加滅南陳，作戰勇猛，拜儀同，賜物千段。為漢王楊諒府親信。隋煬帝楊廣即位，楊諒造反，裴仁基苦苦勸諫，被囚入獄中。楊諒兵敗，隋煬帝拜裴仁基為護軍。數年後，官至武賁郎將，跟隨李景征討黔安的蠻夷向思多，以功進銀青光祿大夫。在張掖攻打吐谷渾，有功，進金紫光祿大夫。攻打靺鞨，拜左光祿大夫。從隋煬帝征討高麗，拜光祿大夫。

大業末年，奉隋煬帝之命，鎮壓占領洛口的瓦崗軍。被監察御史蕭懷靜牽制，被迫投降李密。李密封其為河東郡公，其子裴行儼為絳郡公。後來裴仁基建議李密不要和王世充決戰，李密不聽，致使瓦崗軍大敗，裴仁基也被王世充俘虜，封為禮部尚書。王世充稱帝後，裴仁基和宇文儒童、陳謙、崔德本等謀刺王世充，事情洩露，裴仁基與兒子裴行儼被殺。他的小兒子是唐朝儒將裴行儉。

家世爭議

《唐史論叢》第23輯李政雲著《新出裴光庭墓誌初探》指出《新唐書·宰相世系表》載其先祖即裴仁基曾祖父裴嵩壽任南朝梁兵部尚書，但南朝梁並無此職，未詳是否以隋唐官職指代南朝梁的五兵尚書；《隋書》及裴光庭墓誌又載裴伯鳳曾任汾州刺史，但在北周、北齊在汾州頻繁交戰之際史書竟無其記載，故指裴伯鳳是因羈縻得封的汾州本地山胡酋長，非河東裴氏；但<裴俠傳>又稱裴伯鳳為其從弟。未詳孰是。

文學作品中的裴仁基

《說唐》中裴仁基和兒子裴元慶不忍監軍張大賓迫害，投奔了瓦崗寨起義軍。後來涿州留守薛世雄興兵來犯瓦崗寨大本營金墉城，老將軍裴仁基戰死金墉（第三十九回）。