祭酒原是中国古礼祭祀宴飨时，由最年长尊者举酒以祭于地，故以祭酒为尊称，同辈之长之义。最早追溯可源与夏商周时代之官品职位役阶。战国时代齐国稷下学宫之长，即为祭酒，荀子曾三次担任此职务；汉博士之长原称仆射，东汉改称「博士祭酒」，秩六百石。

西晋以国子学之长为国子祭酒，另设有郡掾祭酒、京兆祭酒、东阁祭酒、西阁祭酒等职务，北齐国子寺、隋唐国子监均以祭酒为长，《续汉书·百官志二》刘昭注引：「汉人胡广说，谓官名祭酒，系部门之长。」

军师祭酒是汉朝末年的官职，由曹操所创，与功曹、仆射同位阶，不同的是祭酒为文职，类似现代秘书或机要这类没有实权的幕僚职。曹操著名谋士郭嘉就曾经担任军师祭酒，后来由于公务繁重而广设此职以辅助政事，比如太乐祭酒、太常祭酒等等。

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