《針灸甲乙經》，全名《黃帝三部鍼灸甲乙經》，是現存最早的一部針灸專書，（公元256-282 年）晉皇甫謐（士安）編輯整理《素問》、《針經》、《明堂孔穴針灸治要》，所編著而成。

全書共十二卷。其內容可以分為兩大部分，即基礎理論和臨床治療。第一卷到第六卷是論述基礎理論的。

第一卷論述中醫基礎理論，來源為《內經》和《難經》。

第二卷論述經絡理論，來源于《內經》和《難經》。

第三卷論述腧穴理論，來源于《明堂孔穴》，其理論主要包括腧穴名稱、定位、歸經、交會及刺灸禁忌等。所論述腧穴共349個，包括了正中線上單穴49個和兩側雙穴300個。其腧穴編排體例也是按照身體的部位劃分，頭面部、軀幹分區編排，而四肢則是分經編排，為後世學習經絡作為參考。書中還補充了手少陰經穴和三陰交作為交會穴。在穴位治療方面，書中提到了水溝治療癲疾、列缺治療表証等，對後世的針灸發展起到了功不可沒的作用。

第四卷論述脈診的內容，來源于《內經》。

第五卷論述針道，來源于《內經》和《明堂孔穴》中的刺激禁忌部分。

第六卷是論述病機，來源于《內經》。

從第七卷開始直到第十二卷都是論述臨床治療的病機和主治，治療病機來源于《內經》，主治來源于《明堂孔穴》。

本書使針灸理論系統化，理論詳實，內容實用，可操作性強，為針灸學的經典文獻。後世醫家均視《甲乙經》為針灸經典，並在此基礎上繼承和發展。

因為它輯選了《黃帝內經》的部分原文，所以可以視作《內經》最早分類輯本，對於內經研究方面，有重要的地位，可供校訂《內經》參考。同時本書也保留了最早的孔穴專書——《明堂孔穴》的原文，為研究和還原《明堂》提供了可信的文獻依據，這是本書的最大價值，也是作者皇甫謐對于針灸的最大貢獻。其文獻學價值可見一斑。