生于明崇祯二年（1629年），受父亲黄居中影响，嗜书成癖，16岁进县学，与丁雄飞有往来。1667年撰写〈赖古堂印谱序〉一文，康熙十八年（1684年）参与编修《明史》，康熙二十九年又随徐乾学往太湖包山书局编纂《大清一统志》。

黄虞稷及其父两代共藏书八万卷，书房名「千顷斋」，「常与江左诸名士约为经史会，以资浏览，借阅者无虚日」，钱谦益编纂《列朝诗集》，曾向黄氏借书。其书籍多用「黄虞稷印」、「俞邰」。康熙三十年（1691年）七月，归江宁，五日后卒，享寿六十三岁。著有《千顷堂书目》32卷，《我贵轩集》、《建初集》、《朝爽阁集》、《蝉巢集》、《史传纪年》等。

虞稷的故居在安海镇朝天境。