沈瑀是刘宋人沈昶的儿子，沈昶在建平王刘景素麾下当官；刘景素谋反，沈昶被牵连入狱，沈瑀就为他陈情，于是朝廷释放沈昶，沈瑀就因此知名。他自州从事、奉朝请起家，曾为南齐尚书右丞殷弥的部下，殷弥和他谈及政事，十分器重，对他说：「看你的卿才干，应该做我这个职位。」司徒、竟陵王萧子良听闻沈瑀的名气，引荐为府参军，领任扬州部传从事；当时建康令沈徽孚恃势欺凌他，他绳之以法，人们都害怕他的强横，萧子良很是欣赏他，家事也委派他负责。萧子良去世，沈瑀转属刺史、始安王萧遥光部下，曾经被下押送民夫，他很快完成，民夫也并无怨言，萧遥光对他的同僚说：「你们怎么不学习沈瑀的行为？」就吩咐他专注州内狱事。湖熟县方山土坝高大，齐明帝命令他拦截路人修路，他三日完成；有扬州书佐秘密路过，诈称是州使，不肯修路，被沈瑀处以鞭刑三十。书佐回去找萧遥光告状，萧遥光说：「沈瑀必不会枉对汝用鞭刑。」之后明帝再命令他兴建赤山塘，花费比原本预计的少数十万，让明帝很高兴。永泰元年（498年），他担任建德县令，教育人民每人种十五株桑树、四株柿树和梨树、栗树，女人就减半，人们都很欢悦，很快地方就长成一片树林。

沈瑀去官回到京师，兼任选曹郎，跟随陈伯之军队到江州，遇上萧衍反抗军包围郢城；他说服陈伯之迎接萧衍，陈伯之哭著说：「我的儿子在建康，不能出城，不能不可怜他们吗。」沈瑀回答：「不是这样，人情汹涌，都希望改变，若不及早谋划，人心就会离散。」于是陈伯之带领部下投降，沈瑀就到萧衍军中。当初他在竟陵王萧子良家中，和范云友好。南齐末年，他到尝范云家中留宿，梦见自己坐在屋内的梁柱上，仰望看到天空中有「范氏宅」的文字，因此沈瑀将此事告诉萧衍。萧衍说：「范云不死的话，这个梦就可以应验。」萧衍即位为梁武帝，范云非常推荐他，自暨阳县令擢升为兼尚书右丞。其时天下刚刚平定，陈伯之上表沈瑀督促物资运转，军队和国家都得到接济，武帝认为他有才能，迁任尚书驾部郎，仍然兼任右丞。他推荐有当政才能的族人沈僧隆、沈僧照，武帝一一接纳。

其后他因为母亲逝世辞官，丧事结束后起用为振武将军、馀姚县令。县内大姓虞氏千多人私下建立集市，之前几任县令都不能禁绝，沈瑀来到将立市的人拘捕；县南又有数百家豪族，子弟互相庇护，聚敛财货，成为百姓忧患，他就徵召当地老人为石头仓监，年轻者就补任县僮，自此权门绝迹。沈瑀最初来到时，有钱的吏员都穿著鲜色衣服，以区别他人，他生气地说：「你们这些县吏，怎可以自比为贵人？」命令他们著粗布衣服，终日站著服侍，失足跌倒就拷打。他年幼时曾经低下，被富人羞辱，因此报复，让是人民埋怨，但他清廉奉公，因此能这样做。之后朝廷北伐，徵任他为建威将军，管理运漕，不久兼官都水使者，很快就改任少府卿，外任安南长史、寻阳太守。江州刺史曹景宗病重，让他代理府州事，到曹景宗逝世，沈瑀改任萧颖达的长史，依然任职太守。他个性倔强，经常不不顺从萧颖达，萧颖达怀恨在心。天监八年（509年），沈瑀入府谘事，言辞激厉，萧颖达发怒：「朝廷用你做事啊？」他出来后对人说：「我死而后已，终久不能随顺他。」同日他在路上遭盗贼杀死，虚岁五十九，人们都认为是萧颖达指使的；沈瑀的儿子沈续不停控告萧颖达，但萧颖达很快离世，事情不了了之，沈续就终身吃素。

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