生平

正德年间

弘治十八年，黄巩登进士，授德安府推官。正德年间，升刑部主事，掌诸司奏牍，历兵部职方武选郎中。正德十四年三月，明武宗下诏南巡，黄巩上疏劝阻：

员外郎陆震草拟奏疏将要劝谏，看到黄巩的奏疏后赞叹不已，于是毁掉自己草稿，改为与黄巩联名疏奏。明武宗看后非常愤怒，将两人关于诏狱，又在午门罚跪。众人议论天子将要出行，黄巩说：「如果天子真要出行，我必然牵著他的衣服以死相谏。」他连跪五天期满后，仍然被关在狱中。过后二十多天，他受廷杖五十下，被贬为平民。江彬派人沿途刺杀黄巩，因有治洪主事得知而事先将黄巩藏起，从小道得以逃脱。

回家后，黄巩潜心著作。有时粮米断绝，至中午还没有做饭，他仍心情安然。他曾经感叹到：「人生官至公爵，算是富贵了，然而不过三四十年。只有立身行道，方能千年不朽。世人往往故意以此换彼，又为何呢？」

嘉靖年间

明世宗即位后，召任其为南京大理寺丞。其上疏请求稽考古道端正学风，敬顺苍天为民辛劳，取法尧舜，保全君子，辨别小人。第二年，入朝庆贺时候死于顺天府。行人张岳颂扬他的正气，朝廷后追赠大理寺少卿，赐予祭祀，天启初年，追諡忠裕。