出身书香家庭，先祖青州枣园人，永乐二年（1404年）迁居即墨城南河畔。康熙九年（1670年）郭琇中进士，康熙十七年（1678年）授江南吴江县令。康熙二十五年（1686年）入朝任江南道御史。历官佥都御史、左都御史等职。康熙二十七年（1688年1月22日），郭琇上《参河臣疏》，弹劾河道总督靳辅、户部尚书佛伦，接著又以《纠大臣疏》弹劾明珠、余国柱「植党类以树私，窃威福以惑众」，不久升任左都御史。次年又上《参近臣疏》，弹劾少詹事高士奇、原任右都御史王鸿绪、给事中何楷、修撰陈元龙、编修王顼龄等植党营私，此三疏使得「群党侧目，百端交构」。不久，遭明珠馀党诬陷，罢官。

康熙三十八年（1699年），帝南巡，郭琇至德州迎驾。起用为湖广总督。康熙四十一年（1711年），因具报苗民起义失实，又罢官。康熙五十四年（1715年）病逝乡里。

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