正统年间，以中书舍人身份跟从父征战麓川，父亲阵亡后，其发奋报仇。最初袭指挥使，后升都指挥同知。正统六年，跟从王骥征麓川，率兵六千人突袭成功，晋升为都指挥使。再跟从王骥攻破贡章、沙坝、阿岭等地，晋升为都督佥事，充右参将，协守云南。正统十三年，再次跟从王骥征麓川，攻破鬼山大寨后，留镇云南。景泰元年，召还晋升为都督同知，恰逢贵州苗族叛变，王骥请求方瑛出兵征讨，次年拜右副总兵，与保定伯梁缶、侍郎侯璡阶替进攻击破，晋升为右都督，攻入龙场。景泰三年，都御史王来弹劾方瑛违法事，明景帝置不问。同年冬，攻破白石崖，斩俘二千五百人，招抚四百六十寨，晋升为左都督。景泰五年，四川草塘民变，方瑛与巡抚蒋琳会同川兵进剿获胜，攻占潮山及三百滩、乖西、谷种、乖立等地，斩首七千馀人。诏封南和伯。

次年，镇守贵州，后乞归还，没有批准。之后湖广苗族叛变，拜其为平蛮将军，率京军讨伐，所到各处秋毫不犯。景泰七年，进沅州抵抗渠蒙能叛变，后攻破一百六十馀寨。与尚书石璞移兵天柱，分兵攻取获胜，之后留镇贵州、湖广。晋升为南和侯。天顺二年，攻破东苗干把猪等地，攻破六百馀寨。前后攻破两千馀寨，俘虏斩杀敌军四万馀人。之后死于任上，赐谥忠襄。

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