艾元徵于顺治三年（1646年）中式丙戌科三甲第二名进士。选庶吉士，散馆授弘文院检讨。顺治十五年，升任礼部右侍郎。顺治十五年，兼任东阁学士、次年任殿试读卷官。顺治十六年，任武会试读卷官。顺治十六年，任教习庶吉士。顺治十八年，任内国史院学士 。康熙二年，任户部右侍郎。康熙四年，任户部左侍郎。康熙九年，任吏部右侍郎，后任吏部左侍郎，后改都察院左都御史。康熙十一年，官至刑部尚书。