康熙八年（1669年）参加乡试，中举人。康熙九年（1670年）庚戌科进士，授内阁中书舍人。二十一年（1682年），琉球国王尚贞遣使请求册封，林麟焻被康熙帝任命为册封副使，随正使汪楫出使琉球。按照惯例，接受册封之国赠送给册封使礼物，并提供廪费和口粮，林麟焻皆婉拒之，琉球人建「却金亭」以纪念此事。回国后任户部江南主事，监太平仓。任内整治污吏，一扫多年积累的弊端，因功升官为户部广西司员外郎。二十六年（1687年）任四川乡试副主考，迁礼部郎中。三十三年（1694年）升按察司佥事，提督贵州学政。在任期间奏请增加乡试名额，获得士人的称颂。他还派人买明代名家的文稿发给下属的学宫，令师讲诵，闻风为之一变，获得云贵总督勒保和贵州巡抚阎兴邦的联名举荐。朝廷拟授贵州布政司参议，但他上表推辞并回到故里，修葺故居并建书屋三间，与友饮酒赋诗，不问世事。四十三年（1704年），福建巡抚梅绢奉命修《莆田县志》，以林麟焻为总裁。他认真考证，品评公正，为人称道。

林麟焻工于诗，留有《玉岩诗集》及《玉岩续集》、《中山竹枝词》、《星槎草》、《郊居集》、《竹香词》等著作。