司马筠早年丧父贫寒，好学不辍。长大后，博通经籍，精通《三礼》。在南齐历任奉朝请，王府行参军。梁朝建立，司马筠为暨阳县令，有政绩。转任为尚书祠部郎，参与制定礼仪。官至尚书左丞、始兴内史，在官任上去世。