生平
邓文原年幼时随其父亲邓漳迁居于钱塘，十五岁便通晓《春秋》。南宋时期曾参加浙西转运司的考试，在四川的子弟中位居第一。至元二十七年（1290年），江浙行省徵聘邓文原为杭州路儒学正。元贞年间，邓文原应聘为皇室写《大藏经》。大德二年（1298年），邓文原任崇德州教授。大德五年（1301年），升任应奉翰林文字。大德九年（1305年），升任修撰，邓文原告假回江南。至大元年（1308年），邓文原再次任修撰，修纂《成宗实录》。至大三年（1310年），邓文原任江浙儒学提举。
皇庆元年（1312年），邓文原入朝任国子司业。邓文原建议改革学校之政。由于当权者守旧所以和邓文原意见不合，邓文原便藉病辞职。后来邓文原出任江浙行省主考官，为避免考生们还有守旧的思想，于是书写朱熹《贡举私议》，将其贴于考场门前。
断案如神
延佑四年（1317年），邓文原升任翰林待制。延佑五年（1318年），邓文原出任佥江南浙西道肃政廉访司事。平江有位僧人与该平江府判官理熙有恩怨，僧人贿赂其弟子控告理熙贪赃，理熙被迫认罪，邓文原巡察时，重新审问得知真相，于是将诬告的人与那位僧人施以杖刑并将理熙释放。
吴兴有位百姓深夜时才回家，巡查的人觉得很可疑便将他绑于亭下，后来那位百姓趁机逃走。追赶途中那位百姓被刺死。事件发生后，死者的哥哥到处询问杀人犯长什么模样，有人说是个高个子，戴白帽穿青衣。于是便向官府投案，官府询问那晚负责值班的是谁，那晚值班的张福儿便遭逮捕审问，后来被迫认罪，张福儿就这样被囚禁了三年。邓文原觉得事有蹊俏，张福儿身高不到六尺，不是高个子；死者的刀伤在右边的肋骨，张福儿贯用左手，伤口应该会在左边。一番调查后，逮捕了真凶，于是将张福儿释放。
桐庐人戴汝惟家遭小偷，官府逮捕了小偷，审理后送往衙门处治。当天晚上戴家房屋被焚毁，戴汝惟下落不明。邓文原认为必定有甚么缘故，一番调查后，查出戴汝惟的妻子叶氏与其弟杀害戴汝惟的罪状，在水塘旁的树下也发现了戴汝惟的尸体和血斧。当时的人们将邓文原当作是神。
延佑六年（1319年），邓文原调任佥江东道肃政廉访司事。徽州、宁国、广德每年徵收茶，课钞原本是三千锭，后来增加到十八万锭，官府将所有的茶叶都移交，还不到一半，其他的都向百姓勒索。当时转运司的官吏任用乡里奸狡的人，动不动就诬告百姓犯法，转运司又对当地相当专制，五品以下的官员都能施以杖刑。邓文原奏请废除榷茶都转运司，建议由州县徵收。但建言没有呈送到朝廷。
徽州百姓谢兰家姓汪的家僮被人杀害，谢兰的侄子谢回收买汪氏一族，诬告家僮是被谢兰所杀，谢兰被迫认罪。邓文原复审后，查明了真相，因此谢兰被释放，改判谢回的罪。
晚年
至治二年（1322年），邓文原入朝任集贤直学士。由于发生地震，朝廷诏令大臣们拟定弭灾的办法。邓文原奏请尽快判决待审的囚犯；建议在河北设置仓廪，存粮以赈饥荒。再次请求废除榷茶转运司，但这条仍未呈报上去。同年书《黄庭坚松风阁诗卷跋》。
至治三年（1323年），邓文原兼任国子监祭酒。江浙省臣赵简奏请开经筵。泰定元年（1324年），特命邓文原与半章政事张圭、翰林学士吴澄同为经筵官，以《帝范》、《资治通鉴》、《大学衍义》、《贞观政要》等书进讲，邓文原后来因病请辞返家。泰定二年（1325年），入朝拜翰林侍讲学士、中奉大夫、知制诰同修国史，后又以生病辞职。泰定三年（1326年），邓文原任岭北湖南道肃政廉访使，但因生病而没有赴任。泰定四年（1327年），作行书跋褚遂良《倪宽赞》。天历元年（1328年），邓文原去世，享寿七十一岁。
《元史》载至顺四年（1333年），朝廷追赠邓文原为江浙行省参知政事，諡文肃。《新元史》则是至正九年（1349年），邓文原的弟子集贤院大学士冯思温上奏说邓文原经筵旧臣，应该要加以恩礼。于是赠中奉大夫、江浙行省参知政事、护军，追封南阳郡公，谥文肃。原本太常议论应该谥壮康，因冯思温之请，改谥文肃。
轶事
邓文原斋居之室名为素履人，所以人们称他为素履先生。
邓文原年轻时就与赵孟俯为好友，被赵孟俯称为自己的「畏友」。
邓文原对自己人严厉对外则宽恕，家贫而廉洁。早年客居京师时，有一书生病得很严重，他从袋子拿出一金，托付邓文原将这金子交给他的家人。后来书生去世了，同房的另一位书生偷走了金子，于是邓文原另外买了金子给死者家属，这件事邓文原终身都没跟任何人谈起。
安南入贡时，使者以黄金、丹砂、象齿为礼物拜会邓文原，邓文原退还不接受。其人说东西是正当清白的阿。邓文原回答东西是清白的没错，但接受的话，那就已经被污染了。
书法
陶宗仪《书史会要》说邓文原学习正、行、草书，早年效法二王（王羲之与王献之），后来学李北海。大德年间所书《急就章》，袁华跋曰：「观其运笔，若神蝠出海，飞翔自如。」晚年邓文原随著官位的高涨，书学益废，所以成就不如赵孟俯、鲜于枢。邓文原的书法以擅长章草书而闻名，传世作品有《临急就章卷》、《黄庭坚松风阁诗卷跋》、《瞻近汉时二帖跋》、《芳草帖》等。
File:雪竹图卷.jpg|邓文原跋郭畀《雪竹图卷》，纵31.8cm，现藏台北国立故宫博物院
File:瞻近汉时二帖跋.jpg|邓文原《瞻近汉时二帖跋》，纵27.4cm，横36.3cm，现藏台北国立故宫博物院
File:邓文原急就章.jpg|邓文原《邓文原章草书急就章卷》局部，纵23.3cm，横368.7cm，现藏北京故宫博物院
诗词
邓文原作有《题丁氏松涧图》、《武陵胜集得入字》、《陪高彦敬游南山》等诗。
学生
• 王士熙，字继学，元朝书法家、作曲家。
• 班惟志，字彦功，号恕斋，元朝书法家，词林英杰之一。
• 冯思温，元朝御史中丞、集贤院大学士。
评价
• 黄溍：工于笔札，与赵魏公齐名。
• 虞集：「大德、延佑间称善书者，必归巴西、渔阳、吴兴。谓邓文原、鲜于枢与赵荣禄也。然邓书太枯，鲜于太俗，岂能子昂万一也。魏晋以来，未尝不通六书之义。吴兴公书冠天下，以其深究六书也。」
• 张雨：「素履斋书此，早年大合作，中岁以往，爵位日高，而书学益废，与之交笔研者，始以馀言为不妄。殆暮年章草，如隔世矣，信为学不可止如此。」
• 任士林：善之浑厚以和，沈潜以润，如清球在悬，明珠在乘。
• 王世贞：邓文肃、班彦功、饶介之皆元人名书家，翩翩可喜也。
• 《四库全书总目提要》：文原学有本原，所作皆温醇典雅。当大德、延佑之世，独以词林耆旧主持风气。袁桷、贡奎左右之，操觚之士响附景从。元之文章，于是时为极盛，文原实有独导之功。
• 袁华评《邓文肃公临急就章》：此卷巴西邓文肃公所临，公在元时独以文章名世，而又以能书名世，号称三大家，公与焉。观公运笔用意甚合古人之妙，此卷实希世之宝也。
