生平

早年生涯

据《明史》记载，方孝孺自幼聪明好学、机警敏捷，双眼炯炯有神，每天读书量超过一寸厚，被乡人称呼为「小韩子」（小韩愈）。长大后拜大儒宋濂为师，为同辈人所推崇，即使身为长辈的胡翰、苏伯衡均自称不如。方孝孺亦常把阐明王道、追求天下太平为己任。一次方孝孺卧病在床，家里断粮后家人相告，方孝孺反笑道：「古人所说『三旬九食』，贫穷是常有的事。」后其父方克勤因空印案受牵连被诛杀，方孝孺为此扶丧归葬、哀恸行路。直到服丧结束后，再跟从宋濂完成学业。

洪武十五年（1382年），因东阁大学士吴沉、杨枢的举荐，明太祖朱元璋召见了方孝孺。太祖见方孝孺举止端庄，学问渊博，称赞他是个不可多得的人才。此后方孝孺为仇家所牵连，被逮捕入应天府。朱元璋看到其名后，释放归乡。洪武二十五年，方孝孺再次因举荐被召见。由于方孝孺力主施行仁政，先德化而后政刑；而太祖则主张以猛治国，运用严刑峻法控制官民，所以他没有对方孝孺加以重用。虽然如此，太祖却有意栽培方孝孺，于是任命其为陕西汉中府教授。后太祖之子蜀王朱椿闻其贤，聘为世子师，并亲题「正学」二字赠其书斋。

辅佐建文帝

洪武三十一年（1398年），明太祖死，皇太孙朱允炆继位，即为明惠帝。惠帝即位后，即遵照太祖遗训，召方孝孺入京委以重任，先后让他出任翰林侍讲及翰林学士。惠帝敬重方孝孺，读书时每有疑难即向他请教，处理国家大事也会徵求他的意见，有时还会让方孝孺批复群臣的奏章。当时宫中纂修《明太祖实录》及《类要》等史籍，皆由方孝孺担任总裁。后定官制，孝孺改为文学博士。惠帝对方孝孺有知遇之恩，使方孝孺十分感激，他也决心竭尽全力辅助惠帝治理天下。

当时各地藩王势力日益增大，惠帝听从兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄的削藩建议，以加强中央集权。驻守北平的燕王朱棣（即后来的明成祖）遂以「清君侧」为名，誓师「靖难」，挥军南下京师。惠帝亦派兵北伐，当时讨伐燕王的诏书檄文都出自方孝孺之手。

因为燕军骁勇善战以及建文帝等人的错误指挥和判断，王师逐渐失利。建文三年，燕军攻占大名。方孝孺建议道：「燕兵在大名长久停顿，天气炎热，定会不战自疲。请急命辽东部队进入山海关进攻永平、真定部队进攻北平，燕兵必然回援。我们再发兵攻击撤退部队，即可擒下。」明惠帝赞同，并命方孝孺草拟诏书，派遣大理寺少卿薛嵓抵达燕军，并赦免燕王罪行，使其罢兵回藩。又为宣谕数千言授于薛嵓，派其在燕军中秘密传散。薛嵓抵达后却藏匿宣谕不敢出，而燕王朱棣亦不奉诏。同年五月，吴杰、平安、盛庸发兵扰燕军饷道，燕王复遣指挥武胜上书请求罢免三者职位，惠帝将要批准时，方孝孺称：「一旦兵罢后，就不可能聚起了，请不要被迷惑。」惠帝于是决定坚持与燕军作战。不久，燕王朱棣攻占沛县，烧毁粮船。当时黄河以北部队无战功，而山东德州的饷道被封，方孝孺为此忧心焦虑。于是建议惠帝派遣锦衣卫千户张安带玺书于燕世子朱高炽，假借与朱高炽签订密约为由，离间朱高炽与其弟朱高煦，使朱棣生疑北返，以打通通往德州的饷道。后送递时，朱高炽得书不启封，离间于是未能成功。

建文四年（1402年）五月，燕军抵达长江以北，惠帝下诏在各地徵兵。方孝孺称：「情形已经非常紧急了。宜派遣人答应割地，以拖延时间，东南各地的募兵才能汇集起来。燕军不善于水战，在长江上决战，胜负还尚未定。」惠帝于是派遣堂姑庆成郡主到燕军劝说，朱棣不听，惠帝于是派遣水军集合。然而，水师大将陈瑄却将战舰投降燕军，使其得以渡过长江。同年六月，惠帝非常忧愁恐惧，有人劝其转移到其他地方，再图复兴。而方孝孺则力请坚守南京应天府，以待援军。即使事有不济，也会为社稷而死。然而，李景隆开金川门让燕军入城，后惠帝在宫内自焚而死（一说他由地道逃亡，从此失去踪迹）。燕王进京后，文武百官多见风转舵，投降燕王。方孝孺拒不投降，结果被捕下狱。

不屈而亡

当时方孝孺已经是名闻天下的第一大儒，其学识品德为四海所称颂。朱棣起兵时，其谋士姚广孝曾对他说，「城破之日方孝孺是决不会投降的，但万万不能杀他，否则天下读书种子（能承先启后的读书人）将会灭绝。」朱棣点头答应。其实，朱棣也有意借用方孝孺的威信来收揽人心，所以当燕军攻破南京后，朱棣屡次派人到狱中向方孝孺招降，希望由他撰写新皇帝即位的诏书，方孝孺坚决不从。随后朱棣强行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻带孝而入，悲恸至极，哭声响彻大殿。

朱棣上前安慰方孝孺，告诉他惠帝已死，并劝他辅助自己即位，就像周公辅佐成王一样。方孝孺厉声质问朱棣：「那成王（意指惠帝）在哪？」朱棣称惠帝已经自焚。方孝孺继续质问：「那为何不立成王的儿子（意指惠帝的儿子）为君呢？」朱棣答道：「国赖长君。」方孝孺继续追问：「为何不立皇弟呢？」朱棣则称：「此朕家事。」并命人将笔墨投到方孝孺面前，声称：「诏天下，非先生草不可。」强迫他写诏书。方孝孺接过笔，写上「燕贼篡位」几个字后，即掷笔于地，骂道：「死即死耳，诏不可草。」朱棣见方孝孺宁死不屈，即威胁道：「汝不顾九族矣！」方孝孺义无反顾地斥责说：「便十族奈我何！」朱棣怒不可遏，命人把其押赴集市施以磔刑，时六月二十五日。。

方孝孺被打进死牢时，明成祖朱棣派人大肆搜捕方孝孺在京的亲属，并在行刑当日把他们押往刑场，在方孝孺面前一一杀害，场面十分残忍。方孝孺的弟弟方孝友将要被杀的时候，方孝孺看著弟弟，流下了眼泪，方孝友说：「阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。」

方孝孺强忍悲痛，始终不屈。被凌迟杀害于南京聚宝门（今中华门）外，时年四十六岁。《明史》中为施以淩迟。

方孝孺被杀后，无人敢收尸，戴德彝抚尸恸哭不已，绝食三日，有诗云：「临危生死决须臾，为国宁怜家与躯？继志情殷愧力短，承先念切遇时渝。关山欲断春秋泪，骨肉长分南北区。手泽遗今无复守，聊凭风雨泣桑榆。」最后方孝孺遗骸由门人廖镛、廖铭收葬于聚宝门外山上，随后两人也因此连坐被诛。方孝孺妻子郑氏与子方中宪、方中愈上吊自杀，两个女儿亦跳入秦淮河自尽。

方孝孺的宗族亲友前后受诛者达数百人，受牵连者达数千人，其门人中以身殉者有卢原质、郑公智、林嘉猷，史称「诛十族」。

身后

永乐二十二年，明成祖朱棣驾崩后，长子明仁宗朱高炽继位。同年11月，朱高炽宽待齐泰、黄子澄、方孝孺等建文忠臣族人，并赦免之。齐、黄二人各有一子被找到并赦免。方孝孺未找到子嗣，找到了其堂兄方孝复，并赦免方孝复。万历十三年三月，释放因方孝孺连坐的戍边后裔，其分别流放到浙、赣、闽、粤、蜀等地的人数有一千三百馀人。有地方县志记载孝孺可能并无绝后，《明实录》亦记载方孝孺的幼子方德宗是为数不多的幸存者。 方德宗其后为逃避追捕，南逃至广东东莞一带。

明世宗时期，松江人俞斌自称为方孝孺后人，并纂写《归宗录》，一时士大夫均纷纷相信，之后才被方氏后人察觉。

明神宗时期，有诏书褒奖记录建文年间忠臣、并在南京建造表忠祠，祠中所列人物中，徐辉祖为首，其次即为方孝孺。

弘光帝时期，赠孝孺为太师，諡文正。妻郑，諡贞愍。

闽南人则尊之为王爷神，称方孝孺、铁铉、景清为三府千岁。

毛泽东轻视方孝孺，据陈伯达回忆，他有次向毛泽东推荐方孝孺写的《深虑论》，毛泽东说：「他自己的命运怎么样？他自己的命运都虑不到，要谈甚么深虑？」

著作

方孝孺著作甚丰，内容醇深雄迈。当时每出一篇，人们纷纷传诵。其撰有《周礼考次》、《大易枝辞》、《武王戒书注》、《宋史要言》、《帝王基命录》、《文统》等。永乐年间，朱棣查禁他的所有著作，并令藏匿方孝孺文集者死罪。章朴及其弟因收藏方孝孺文集而被杀。其门人王稌潜录制的《侯城集》，为现在传世之作。