體裁
本書仿漢朝司馬遷《史記》體裁，是在《宗源錄》和《釋門正統》的基礎上編成的一部紀傳體通史。以正史紀傳體編寫，分〈本紀〉、〈世家〉、〈列傳〉、〈表〉、〈志〉等5篇19科，有〈本紀〉、〈世家〉、〈列傳〉、〈表〉等類科。
「本紀」部分凡八卷，「以諸佛諸祖為本紀」，初為「釋迦牟尼佛本紀」，次為「西土二十四祖紀」，最後為「興道下八祖紀」。
「世家」有二卷，「起自南嶽旁出照禪師，下至慈雲諸師」，凡十三世家，205人。
「列傳」部分凡十二卷，有專傳、合傳、寄傳和雜傳等，在篇首或在文中，或在卷後，都有「述曰」。
九「志」置於書末，是依《魏書》體例，《山家教典志》仿《藝文志》，《諸宗立教志》記敘禪宗、華嚴宗、法相宗、密宗、律宗諸宗歷史，「雖共明此道，而各專一門」，《三世出興志》記敘了佛教過去、現在、未來三世，《世界名體志》載佛教地理「南洲五竺，東華震旦，若名若體，有說有圖，雖自廣以至狹，實舉別而會總。 既明三世，須辨方界，此學者所宜知也」。其中《法運通塞志》又是史學傳統中的一個創例，「志」中有編年，體例上結合了紀傳體與編年體的優點，「紀、傳、世家，法太史公（司馬遷）」，「志，法司馬公（司馬光」）。
評價
《四庫全書總目》稱其「全仿正史之例，大旨以教門為正脈」。
陳寅恪曾指出，「宋代史家之著述， 于宗教往往疏略，此不獨由于意執之偏蔽，亦其知見之狹陋有以致之」。
《佛祖統紀》卷54所載的「三教出興」、「三教厄運」、「三教訞偽」、「三教談論」，是對當時的儒釋道「三教合一」做一次評論。
目錄
• 本紀（8卷）
• #釋迦佛紀（卷1-4）
• #西土二十四祖（卷5）
• #東土九祖（卷6,7）
• #興道下八祖（卷8）
• 世家（2卷）
• #天台宗旁出諸師略傳（卷9,10）
• 列傳（12卷）
• #天台宗諸師法嗣略傳（卷11-22）
• 表（2卷）
• #曆代傳教表（卷23）
• #佛祖世繫表（卷24）
• 志（30卷）
• #山家教典志（卷25）
• #浄土立教志（卷26-28）
• #諸宗立教志（卷29）
• #三世出興志（卷30）
• #世界名體志（卷31,32）
• #法門光顯志（卷33）
• #法運通塞志（卷34-48）
• #名文光教志（卷49,50）
• #曆代會要志（卷51-54）
注釋
