樊楫是冠州（今山東聊城市冠縣）人。他最早是軍吏，跟隨參政阿裏海牙攻打南宋的鄂州、江陵，有功，以行省命為都事。南宋滅亡後被徵召入朝，任命為員外郎。後跟隨阿裏海牙攻下廣西，升官為郎中。他還參加了崖山海戰，戰後，進封參議行中書省事、同知湖南宣慰司事。

至元二十一年，被提拔為僉荊湖占城行中書省事，跟隨阿裏海牙攻打安南，無功而返。二十四年，元世祖再度下令攻打安南時，任命他為行中書省參知政事。當時元朝陸軍兵分兩路，鎮南王脫歡與右丞程鵬飛分別攻打永平和女兒關，樊楫則與參知政事烏馬兒一起帶領水軍入海，與安南戰船在安邦口遭遇，斬首四千餘級、俘虜百餘人，到萬劫山與脫歡會合。十二月攻打安南首都昇龍，陳日烜逃入海中。

安南人把糧食全部藏起來逃跑，而督運糧草的元將張文虎一直不來，安南暑氣又重，元軍被迫撤軍。樊楫與烏馬兒沿水路撤退，在白藤江遭到安南軍隊的伏擊而大敗，全軍覆沒。《元史·樊楫傳》稱他被亂箭射傷，最後力戰而死。《大越史記全書》則稱他被安南將軍杜衡俘虜，與烏馬兒等人一起被獻俘于陳太宗的昭陵；後來在遣返回國的途中遭遇興道王陳國峻的謀害，將船鑿沉而被溺死。

至順元年，贈推忠宣力效節功臣、資德大夫、江浙行省右丞、上黨郡公，謚忠定。